Logiciels développés dans les laboratoires de l'INRA

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Ci-dessous sont listés les logiciels décrits dans PLUME sous forme de fiche Dév ESR, logiciels pour lesquels un des laboratoires rattachés à l'INRA a participé au (ou piloté le) développement.
Dans la liste des logiciels, en cliquant sur le nom du logiciel, vous accédez à sa description.
Logicielicone de tri Description Etat du développement Laboratoire(s)
beads

détection et quantification de spots sur des images de gels d'électrophorèse 2D

diffusé, stable Génétique Végétale
Bio++

ensemble de bibliothèques C++ dédiées à la bioinformatique

diffusé, stable
diffusé en beta
en développement
GenHort, ISEM, LBBE, LIRMM
BioMAJ

mise à jour et transformation automatique de banques biologiques

validé (au sens PLUME)
diffusé, stable
GenOuest, INRIA Rennes, IRISA, MIG, UBIA
CarthaGène

logiciel de cartographie génétique

diffusé, stable Génétique Cellulaire, UBIA
Datum

application web pour partager des données issues de différentes bases de données

utilisé en interne
en développement
Environnement et Grandes Cultures
EuGène

prédicteur de gènes pour les organismes eucaryotes et procaryotes

diffusé, stable LIPM, UBIA
FATAL

génération automatique de portail Web pour l'annotation fonctionnelle

diffusé en beta LIPM
Free-D

reconstruction, visualisation et analyse de modèles 3D générés à partir d'images 2D ou 3D (biologie)

diffusé, stable Autre
LibOdsStream

lecture et écriture en flux de fichiers au format Open Document Spreadsheet

diffusé, stable Génétique Végétale
masschroq

analyse et quantification de données issues de la spectrométrie de masse

diffusé, stable PAPPSO
MatGeom

bibliothèque de calcul géométrique en 2D et 3D sous Matlab

validé (au sens PLUME) GMPA
MixNet/MixeR

statistiques : Mixture Models for Networks

validé (au sens PLUME) LBBE, MIA-UMR518, SG
Monolix

analyse de modèle non-linéaire à effets mixtes

validé (au sens PLUME)
en développement
INRIA Saclay, Labo Maths Orsay, NeuroSpin
Narcisse

navigateur de génomes comparés

diffusé, stable Génétique Cellulaire, LIPM
NemoFish

analyse d'image pour les gènes et territoires chromosomiques en FISH 3D

diffusé, stable Génétique Cellulaire, Univ Paris 6 (UPMC)
OpenFLUID

Plate-forme de modélisation du fonctionnement intégré du paysage

diffusé, stable LISAH
Paraloop

distribution de travaux en parallèle

diffusé, stable LIPM
PlayMOBY

environnement de déploiement et de surveillance de web-services BioMOBY

diffusé, stable LIPM
Populations

calculs de distances génétiques entre populations ou individus

validé (au sens PLUME) Génétique Végétale
PyroCleaner

nettoyer des lectures issues de pyroséquencage

diffusé, stable Genotoul
QTLMap

détection de QTL dans les populations animales expérimentales

validé (au sens PLUME) Génétique Animale
REPET

annotation des éléments transposables (génomique)

diffusé, stable URGI
S-MART

analyse de données de séquençage haut-débit

diffusé, stable URGI
VLE

Virtual Laboratory Environment - plate-forme de multi-modélisation et de simulation

validé (au sens PLUME)
diffusé, stable
en développement
LIL, UBIA
X!TandemPipeline

filtrage, édition, regroupement de résultats d'identifications MS

diffusé, stable Génétique Végétale