HomeLogiciels développés par l'Enseignement Supérieur et la Recherche en biologie
Cette liste présente les logiciels développés dans un laboratoire ou une université et indexés avec le mot-clé 'biologie'.
| Logiciel | Description | Fonctionnalités | Origine (laboratoire/service) |
|---|---|---|---|
| ScientiFig |
création ou (re)formatage de figures pour les communications scientifiques |
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| T-lex |
annotation d'éléments transposables à partir de données de séquençage (NGS) |
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| massXpert |
simulation de données de biochimie et de spectrométrie de masse |
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| SVDetect |
detection de variants structuraux à partir de lectures haut-débit appariées |
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| myProMS |
validation, quantification et partage des données de spectrométrie de masse protéomique |
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| X!TandemPipeline |
filtrage, édition, regroupement de résultats d'identifications MS |
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| CarthaGène |
logiciel de cartographie génétique |
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| PFIM |
evaluation et optimisation de protocoles de population |
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| EuGène |
prédicteur de gènes pour les organismes eucaryotes et procaryotes |
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| MoPro |
analyse de la structure et densité électronique moléculaire (cristallographie) |
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| masschroq |
analyse et quantification de données issues de la spectrométrie de masse |
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| serial cloner |
manipuler & visualiser des séquences d'ADN, préparer des projets de clonage |
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| Geant4 |
boîte à outils pour la simulation du passage des particules à travers la matière |
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| ActivPlanning |
système de réservation pour équipements mutualisés |
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| PlayMOBY |
environnement de déploiement et de surveillance de web-services BioMOBY |
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| BioRica |
décrire et simuler les systèmes multi-modèles en biologie |
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| FATAL |
génération automatique de portail Web pour l'annotation fonctionnelle |
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| ANISEED |
modélisateur du développement de l'ascidie |
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| pDynamo |
modélisation moléculaire et simulation des protéines |
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| PyroCleaner |
nettoyer des lectures issues de pyroséquencage |
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| TASE |
outil en ligne permettant la recherche de régions candidates par analyse de données SNP |
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| Stockoptions |
gestionnaire de containers virtuels pour le laboratoire |
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| Populations |
calculs de distances génétiques entre populations ou individus |
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| QTLMap |
détection de QTL dans les populations animales expérimentales |
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| Gabedit |
interface graphique pour différentes applications de chimie computationnelle |
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| beads |
détection et quantification de spots sur des images de gels d'électrophorèse 2D |
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| Free-D |
reconstruction, visualisation et analyse de modèles 3D générés à partir d'images 2D ou 3D (biologie) |
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| EDNA |
environnement pour réaliser des programmes d'analyses de données en ligne |
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| HECTAR |
localisation subcellulaire, heterokont, machine à vecteur support, metaclassifier, motif, annotation |
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| VLE |
Virtual Laboratory Environment - plate-forme de multi-modélisation et de simulation |
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| EZ-Rhizo |
analyse de l'architecture racinaire de plantes en boite de Pétri |
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| BioMAJ |
mise à jour et transformation automatique de banques biologiques |
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| FactoMineR |
package du logiciel R dédié à l'analyse de données |
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| REPET |
annotation des éléments transposables (génomique) |
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| GraMoFoNe |
un plugin pour Cytoscape |
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| Mobyle |
framework pour intégrer les logiciels bioinformatiques |
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| Bio++ |
ensemble de bibliothèques C++ dédiées à la bioinformatique |
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| S-MART |
analyse de données de séquençage haut-débit |
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| Narcisse |
navigateur de génomes comparés |
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| NemoFish |
analyse d'image pour les gènes et territoires chromosomiques en FISH 3D |
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| GAGG |
algorithme (codé en R) qui permet le clustering de gènes |
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| ESPript |
visualisation d'alignements multiples corrélés à la structure secondaire |
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| BOMBEC |
simulation du couplage fluide-structure en coordonnées eulériennes |
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| FLEXIBLE |
déformation et changement de conformation biomolécules par excitations externes (Modes Statiques) |
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| Rheolef |
résolution des équations aux dérivées partielles par la méthode des éléments finis |
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| Monolix |
analyse de modèle non-linéaire à effets mixtes |
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| SODA |
dessin des oligonucléotides pour la méthode de clonage SLIC |
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| pyQPCR |
traiter les données de PCR quantitative pour obtenir les quantifications relatives ou absolues |
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| Chemotaxis |
approximation de modèles EDP (parabolique, hyperbolique et cinétique) |
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| OpenFLUID |
Plate-forme de modélisation du fonctionnement intégré du paysage |
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| VLVDP |
manipulation de très gros volumes 3D (et 3D+temps) |
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| Paraloop |
distribution de travaux en parallèle |
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| Ed'Nimbus |
filtre de séquences ADN |
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| Minbrkpts |
tests des performances d'une heuristique permettant la linéarisation d'ordres partiels |
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| Zebre |
résolution de systèmes de Réaction-Diffusion |