Logiciels développés par l'Enseignement Supérieur et la Recherche en biologie

Cette liste présente les logiciels développés dans un laboratoire ou une université et indexés avec le mot-clé 'biologie'.

Logiciel Description Fonctionnalités Origine (laboratoire/service)
ScientiFig

création ou (re)formatage de figures pour les communications scientifiques

T-lex

annotation d'éléments transposables à partir de données de séquençage (NGS)

massXpert

simulation de données de biochimie et de spectrométrie de masse

SVDetect

detection de variants structuraux à partir de lectures haut-débit appariées

myProMS

validation, quantification et partage des données de spectrométrie de masse protéomique

X!TandemPipeline

filtrage, édition, regroupement de résultats d'identifications MS

CarthaGène

logiciel de cartographie génétique

PFIM

evaluation et optimisation de protocoles de population

EuGène

prédicteur de gènes pour les organismes eucaryotes et procaryotes

MoPro

analyse de la structure et densité électronique moléculaire (cristallographie)

masschroq

analyse et quantification de données issues de la spectrométrie de masse

serial cloner

manipuler & visualiser des séquences d'ADN, préparer des projets de clonage

Geant4

boîte à outils pour la simulation du passage des particules à travers la matière

ActivPlanning

système de réservation pour équipements mutualisés

PlayMOBY

environnement de déploiement et de surveillance de web-services BioMOBY

BioRica

décrire et simuler les systèmes multi-modèles en biologie

FATAL

génération automatique de portail Web pour l'annotation fonctionnelle

ANISEED

modélisateur du développement de l'ascidie

pDynamo

modélisation moléculaire et simulation des protéines

PyroCleaner

nettoyer des lectures issues de pyroséquencage

TASE

outil en ligne permettant la recherche de régions candidates par analyse de données SNP

Stockoptions

gestionnaire de containers virtuels pour le laboratoire

Populations

calculs de distances génétiques entre populations ou individus

QTLMap

détection de QTL dans les populations animales expérimentales

Gabedit

interface graphique pour différentes applications de chimie computationnelle

beads

détection et quantification de spots sur des images de gels d'électrophorèse 2D

Free-D

reconstruction, visualisation et analyse de modèles 3D générés à partir d'images 2D ou 3D (biologie)

EDNA

environnement pour réaliser des programmes d'analyses de données en ligne

HECTAR

localisation subcellulaire, heterokont, machine à vecteur support, metaclassifier, motif, annotation

VLE

Virtual Laboratory Environment - plate-forme de multi-modélisation et de simulation

EZ-Rhizo

analyse de l'architecture racinaire de plantes en boite de Pétri

BioMAJ

mise à jour et transformation automatique de banques biologiques

FactoMineR

package du logiciel R dédié à l'analyse de données

REPET

annotation des éléments transposables (génomique)

GraMoFoNe

un plugin pour Cytoscape

Mobyle

framework pour intégrer les logiciels bioinformatiques

Bio++

ensemble de bibliothèques C++ dédiées à la bioinformatique

S-MART

analyse de données de séquençage haut-débit

Narcisse

navigateur de génomes comparés

NemoFish

analyse d'image pour les gènes et territoires chromosomiques en FISH 3D

GAGG

algorithme (codé en R) qui permet le clustering de gènes

ESPript

visualisation d'alignements multiples corrélés à la structure secondaire

BOMBEC

simulation du couplage fluide-structure en coordonnées eulériennes

FLEXIBLE

déformation et changement de conformation biomolécules par excitations externes (Modes Statiques)

Rheolef

résolution des équations aux dérivées partielles par la méthode des éléments finis

Monolix

analyse de modèle non-linéaire à effets mixtes

SODA

dessin des oligonucléotides pour la méthode de clonage SLIC

pyQPCR

traiter les données de PCR quantitative pour obtenir les quantifications relatives ou absolues

Chemotaxis

approximation de modèles EDP (parabolique, hyperbolique et cinétique)

OpenFLUID

Plate-forme de modélisation du fonctionnement intégré du paysage

VLVDP

manipulation de très gros volumes 3D (et 3D+temps)

Paraloop

distribution de travaux en parallèle

Ed'Nimbus

filtre de séquences ADN

Minbrkpts

tests des performances d'une heuristique permettant la linéarisation d'ordres partiels

Zebre

résolution de systèmes de Réaction-Diffusion