Logiciels développés par l'Enseignement Supérieur et la Recherche en biologie

Cette liste présente les logiciels développés dans un laboratoire ou une université et indexés avec le mot-clé 'biologie'.

Logiciel Description Fonctionnalités Origine (laboratoire/service)
ScientiFig

création ou (re)formatage de figures pour les communications scientifiques

traitement d'images GReD
T-lex

annotation d'éléments transposables à partir de données de séquençage (NGS)

traitement de données, workflow Labo à l'étranger
massXpert

simulation de données de biochimie et de spectrométrie de masse

modélisation, traitement de données Régulations et dynamique des génomes
SVDetect

detection de variants structuraux à partir de lectures haut-débit appariées

statistiques, traitement de données INSERM-U900
myProMS

validation, quantification et partage des données de spectrométrie de masse protéomique

accès distant, authentification, base de données, diffusion information INSERM-U900
X!TandemPipeline

filtrage, édition, regroupement de résultats d'identifications MS

traitement de données Génétique Végétale
CarthaGène

logiciel de cartographie génétique

traitement de données Génétique Cellulaire, UBIA
PFIM

evaluation et optimisation de protocoles de population

traitement de données INSERM-U738, LJK
EuGène

prédicteur de gènes pour les organismes eucaryotes et procaryotes

traitement de données LIPM, UBIA
MoPro

analyse de la structure et densité électronique moléculaire (cristallographie)

traitement de données, visualisation CRM2
masschroq

analyse et quantification de données issues de la spectrométrie de masse

tableur, traitement de données PAPPSO
serial cloner

manipuler & visualiser des séquences d'ADN, préparer des projets de clonage

traitement de données CDC
Geant4

boîte à outils pour la simulation du passage des particules à travers la matière

visualisation CC-IN2P3, CENBG, CERN, IPHC, IPNO, LAL, LAPP, LLR, LPC Clermont, LPNHE, SOLEIL Synchrotron
ActivPlanning

système de réservation pour équipements mutualisés

travail collaboratif, travail coopératif LBP
PlayMOBY

environnement de déploiement et de surveillance de web-services BioMOBY

environnement logiciel, service web, surveillance, workflow LIPM
BioRica

décrire et simuler les systèmes multi-modèles en biologie

modélisation INRIA Bordeaux, LABRI
FATAL

génération automatique de portail Web pour l'annotation fonctionnelle

base de données, service web, visualisation LIPM
ANISEED

modélisateur du développement de l'ascidie

base de données, bibliographie, visualisation IBDML
pDynamo

modélisation moléculaire et simulation des protéines

modélisation IBS
PyroCleaner

nettoyer des lectures issues de pyroséquencage

traitement de données Genotoul
TASE

outil en ligne permettant la recherche de régions candidates par analyse de données SNP

service web, tests, visualisation INSERM-U583, LIRMM
Stockoptions

gestionnaire de containers virtuels pour le laboratoire

gestion de contenu, travail coopératif TIMC-IMAG
Populations

calculs de distances génétiques entre populations ou individus

statistiques Génétique Végétale
QTLMap

détection de QTL dans les populations animales expérimentales

statistiques, traitement de données Génétique Animale
Gabedit

interface graphique pour différentes applications de chimie computationnelle

modélisation, visualisation LASIM
beads

détection et quantification de spots sur des images de gels d'électrophorèse 2D

Génétique Végétale
Free-D

reconstruction, visualisation et analyse de modèles 3D générés à partir d'images 2D ou 3D (biologie)

modélisation, traitement d'images Autre
EDNA

environnement pour réaliser des programmes d'analyses de données en ligne

calcul distribué, traitement de données EMBL, ESRF, SOLEIL Synchrotron
HECTAR

localisation subcellulaire, heterokont, machine à vecteur support, metaclassifier, motif, annotation

LORIA, Végétaux Marins et Biomolécules
VLE

Virtual Laboratory Environment - plate-forme de multi-modélisation et de simulation

environnement logiciel, modélisation LIL, UBIA
EZ-Rhizo

analyse de l'architecture racinaire de plantes en boite de Pétri

traitement d'images ESIEE
BioMAJ

mise à jour et transformation automatique de banques biologiques

traitement de données, transfert de fichiers GenOuest, INRIA Rennes, IRISA, MIG, UBIA
FactoMineR

package du logiciel R dédié à l'analyse de données

statistiques Labo Maths Applis Rennes
REPET

annotation des éléments transposables (génomique)

traitement de données URGI
GraMoFoNe

un plugin pour Cytoscape

LIGM
Mobyle

framework pour intégrer les logiciels bioinformatiques

GenOuest, Institut Pasteur, IRISA, LIPM, RPBS
Bio++

ensemble de bibliothèques C++ dédiées à la bioinformatique

biblio. informatique, traitement de données GenHort, ISEM, LBBE, LIRMM
S-MART

analyse de données de séquençage haut-débit

traitement de données URGI
Narcisse

navigateur de génomes comparés

visualisation Génétique Cellulaire, LIPM
NemoFish

analyse d'image pour les gènes et territoires chromosomiques en FISH 3D

traitement d'images, visualisation Génétique Cellulaire, Univ Paris 6 (UPMC)
GAGG

algorithme (codé en R) qui permet le clustering de gènes

modélisation, statistiques, traitement de données IGF
ESPript

visualisation d'alignements multiples corrélés à la structure secondaire

visualisation IBCP, IPBS
BOMBEC

simulation du couplage fluide-structure en coordonnées eulériennes

modélisation LJK, SPECTRO
FLEXIBLE

déformation et changement de conformation biomolécules par excitations externes (Modes Statiques)

modélisation LAAS
Rheolef

résolution des équations aux dérivées partielles par la méthode des éléments finis

LJK
Monolix

analyse de modèle non-linéaire à effets mixtes

modélisation, statistiques INRIA Saclay, Labo Maths Orsay, NeuroSpin
SODA

dessin des oligonucléotides pour la méthode de clonage SLIC

traitement de données CGM
pyQPCR

traiter les données de PCR quantitative pour obtenir les quantifications relatives ou absolues

traitement de données LBME
Chemotaxis

approximation de modèles EDP (parabolique, hyperbolique et cinétique)

modélisation ICJ
OpenFLUID

Plate-forme de modélisation du fonctionnement intégré du paysage

environnement logiciel, modélisation LISAH
VLVDP

manipulation de très gros volumes 3D (et 3D+temps)

traitement d'images LAGA
Paraloop

distribution de travaux en parallèle

calcul distribué, workflow LIPM
Ed'Nimbus

filtre de séquences ADN

traitement de données LIGM
Minbrkpts

tests des performances d'une heuristique permettant la linéarisation d'ordres partiels

LIGM
Zebre

résolution de systèmes de Réaction-Diffusion

calcul distribué ICJ