Avogadro

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 16/05/13
  • Correction mineure : 16/05/13
Mots-clés

Avogadro : éditeur et visualiseur de molécules

Description
Fonctionnalités générales

Avogadro est un logiciel multi-plateforme conçu pour l'édition et la visualisation avancée de molécules. Imaginé pour le calcul scientifique, la modélisation moléculaire, la bio-informatique, la science des matériaux ainsi que pour quelques autres activités de recherche connexes, Avogadro se démarque par sa flexibilité et son caractère évolutif de par son robuste système de plugins.

Une description du logiciel est aussi donnée sur le site de Framasoft : http://www.framasoft.net/article5022.html

Autres fonctionnalités

Ce logiciel permet également de se familiariser avec les bases de la mécanique moléculaire en proposant différents champs de force (MMFF94, MMFF 94s, UFF et Ghemical) et deux types d'optimisations de géometrie, comme la méthode du gradient conjugué, ou la méthode de la plus grande pente.

Il permet de faire des recherches de conformères de façon systèmatique ou aléatoire, avec ou sans contraintes sur les différents atomes des molécules étudiées (mais pas de rotation dans les cycles), ainsi que de visualisation des spectres infrarouges (format .out ou turbomole).

Interopérabilité

Les formats de fichier suivants sont supportés en entrée et en sortie :

  • CML (en entrée et en sortie)
  • CIF (en entrée)
  • GAMESS-US (en entrée et en sortie)
  • GAUSSIAN (en entrée et en sortie)
  • HyperChem (en entrée)
  • MDL Mol (en entrée et en sortie)
  • NWChem (en entrée et en sortie)
  • PDB (en entrée et en sortie)
  • PDF (en sortie)
  • PNG (en sortie)
  • Pov-Ray (en sortie)
  • SVG (en sortie)
  • Sybyl Mol2 (en entrée et en sortie)
  • XYZ (en entrée et en sortie)

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Le logiciel est utilisé pour la visualisation et l'édition de structures moléculaires obtenues dans le cadre du projet Chemical Structures.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Problème de locale

Problème rencontré sur les plateformes linux nativement installées en français concernant l'interprétation du point et de la virgule, qui entraine un bug graphique, ce problème peut être réglé en re-initalisant la locale:

$ LANG=C LC_ALL=C LC_NUMERIC=C avogadro

Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré
  • Debian
  • Ubuntu
  • Gentoo
  • Fedora
  • FreeBSD
  • OpenSUSE
  • ArchLinux
  • Mandriva

La page Distribution du Wiki Avogadro donne plus de détails sur les distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré.

Plates-formes
  • FreeBSD
  • Linux
  • Mac OS X
  • Microsoft Windows
Logiciels connexes
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Le logiciel Avogadro est développé et maintenu par un groupe de développeurs dont plusieurs sont issus du laboratoire de Geoffrey Hutchison.

Eléments de pérennité

Le code source du logiciel est librement accessible depuis la plate-forme SourceForge et est activement maintenu. Ce logiciel est également l'une des briques d'un laboratoire de recherche. Enfin, l'équipe de développement est ouverte à de nouveaux contributeurs (la page Developer sur le wiki Avogadro leur est destinée). Ces trois éléments constituent une base très importante pour la pérennité d'un logiciel.

Références d'utilisateurs institutionnels

Le nombre de téléchargement du logiciel Avogadro a été estimé l'an dernier à un peu plus de 4300 par mois.

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Il existe quatre listes de diffusion :

  • avogadro-announce
  • avogadro-devel
  • avogadro-discuss
  • avogadro-translations

Les bugs peuvent être remontés à l'équipe de développement via le gestionnaire de ticket de la plate-forme SourceForge.

Documentation utilisateur

De nombreuses documentations sont disponibles sur la page Documentation du Wiki Avogadro (en anglais).

Contributions

La page Developer sur le wiki Avogadro explique comment contribuer au logiciel.

 

Commentaires

Mise a jours ... version 1.1 (verson de developpement)

We are very proud to announce the availability of Avogadro 1.1.0.
https://sourceforge.net/projects/avogadro/files/av...

Avogadro is a free, open source, cross-platform molecular editor designed for flexible use in computational chemistry, molecular modeling, bioinformatics, materials science, and related areas. Packages are available for Windows, Linux and Mac OS X. The source code source is available under the GNU GPLv2.

What's new? This release highlights a great deal of new features, including a built-in crystal library, crystallographic editing, building slabs / surfaces with arbitrary Miller planes, support for Abinit (and soon Quantum Espresso), searching for IUPAC names in PubChem, custom atomic colors and radii, and much more.

See the Release Notes:
http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Avogadro_1.1.0

If you use Avogadro please check out the recently published Avogadro
paper, and consider citing it: http://www.jcheminf.com/content/4/1/17

What does Avogadro do?
* We've tried to make the best, most intuitive "builder," including common fragments, downloading directly from PDB or PubChem, and peptide sequences
* Innovative "auto-optimize" tool which allows you to continue to build and modify, during molecular mechanics optimization
* Interfaces to many common computational packages
* Designed to help both educational users and advanced research
* Plugins that allow Avogadro to be extended and customized
* Well defined public API, library and Python bindings for development
* Embedded Python interpreter
* Translations available in 19+ languages

For more information: http://avogadro.openmolecules.net/wiki/

This is a community project and we couldn't have made this release without you. Many thanks to all the contributors to Avogadro including those of you who submitted feedback, bug reports, and code. Particular thanks go to all the translators.

Version de développement

La version 1.1 n'a été intégrée dans aucune grande distribution linux car c'est une version de développement (elle ne fait que préfigurer les nouveauté qui sont prévues pour la prochaine version stable sans en avoir la stabilité):

This release marks the first of a new set of development "beta" releases of Avogadro, for adventurous users and programmers. [...] That said, we expect there are bugs, missing features, and we do not yet recommend it for Linux distributions to package, since the programming interfaces may still change before 1.2.0 is released.

La fiche Plume sera mise à jour pour la prochaine version stable