Ce logiciel libre de biologie permet la visualisation, la construction et la validation de structures macromoléculaire issues de données cristallographiques ou de RMN. L'intérêt tout particulier est la facilité d'ajustement, d'affinement et de régularisation d'éléments de structures et de ligands dans l'espace réel. Une palette d'outils permet d'automatiser cet affinement. Le traitement de systèmes volumineux est réalisé en un temps très raisonnable.

• Visualisation de cartes de densité électronique, soit par lecture directe de carte au format .map soit par calcul de transformée de Fourier directement à partir des fichiers .mtz (pour les facteurs de structure) et de la PDB visualisée (pour les phases)
• Superposition de structures
• Mutation de résidus très simplifiée
• Navigation dans la structure très facile grâce à une bonne gestion de la souris
• Validation des structures (exemple : diagramme de Ramachandran)

Ce logiciel est compatible au niveau des formats avec la grande majorité des programmes de cristallographie, et plus particulièrement bien adapté pour la suite CCP4 (REFMAC) et pour le programme Phenix, qui l'intègre dans son interface graphique, au même titre que Pymol.

Les formats des fichiers d'entrée sont ceux utilisés en biologie structurale (exemple : PDB, mmCIF, MTZ, phs).
Le programme peut générer des cartes de densité électronique directement à partir des fichiers .mtz ou lire des cartes au format ccp4 ou CNS.
La visualisation stéréoscopique est très simple à mettre en place sur les stations graphiques.

Ce logiciel est utile dans la modélisation et l'affinement de structures cristallographiques ou pour la visualisation de structures de macromolécules déjà déposée dans la "Protein Data Bank" (PDB). Il est parfaitement adapté au monde de la biologie et de la chimie. Nous l'utilisons pour visualiser les macromolécules de nos projets et améliorer éventuellement leur affinement (dans le cas de structures anciennes), et ce en un temps très rapide. Il permet également de générer des modèles de variants par mutation ponctuelle.

Bien que très généraliste, ce programme ne prend pas en compte l'ensemble des formats utilisés en biologie structurale. Il faut donc parfois faire des conversions via des programmes comme OpenBabel.

Sur certaines machines Linux dont l'installation a été faite en français, il faut parfois redéfinir certaines variables d'environnement, notamment pour que la visualisation 3D fonctionne correctement. il suffit pour cela de rajouter les lignes suivantes dans le fichier : /usr/bin/coot.
Avant de modifier ce fichier, vérifiez que le programme ne fonctionne pas correctement, ceci est surtout valable pour les binaires installés via les dépôts officiels des distribution linux.

LANG=C
LC_ALL=C
LC_NUMERIC=ALL
export LANG
export LC_ALL
export LC_NUMERIC