Cytoscape est un logiciel utilisé par les biologistes qui permet la visualisation et l'analyse des réseaux d’interaction et des données associées (interaction protéines-protéines, gènes coexprimés, annotations de Gene Ontology...).
Les représentations graphiques d'un même réseau sont multiples (formes des réseaux, couleurs, taille, informations, ...).
Le logiciel permet de naviguer simplement dans des grands réseaux et permet de faire des filtres.
Cytoscape peut se connecter directement aux banques de données publiques pour obtenir les informations qu'elles contiennent (Entrez Gene, BioMart, IntAct...).

La version téléchargée contient des outils de visualisation et d'intégration des données, complétée par des plugins développés par les développeurs du logiciel Cytoscape et les utilisateurs eux-mêmes. On en dénombre plus d'une trentaine. Les plugins développés par la communauté permettent d'étendre les fonctionnalités de cytoscape. Un gestionnaire de plugins permet de les installer très simplement.

Permet de sauvegarder et d'importer les réseaux à différents formats :

• Modélisation des réseaux d'interactions : BIOPAX, SBML
• Graphe brut:GML (Graph Markup Language)
• XGMML
• Sorties graphiques :PDF, EPS, PNG, BMP ...
• Permet d'importer des termes GO (Gene Ontology) directement de OBO
• Permet d'importer des fichiers tabulés (utile pour intégrer dans un pipeline d'analyses)
• Cytoscape possède un connecteur de web service. Il permet de se connecter directement à des banques de données publiques (IntAct, Entrez Gene...) pour importer annotations et réseaux. Des banques d'interactions comme pathway commons proposent leurs données directement visualisables dans Cytoscape par java web start.
• CytoTalk est un plugin qui permet de connecter Cytoscape à R ou perl, en utilisant XML-RPC.

Ce logiciel est utilisé au sein de l'institut tant pour la représentation des interactions protéines-protéines, pour représenter des clusters de gènes coexprimés, pour visualiser certaines étapes lors d'assemblage de novo. Cytoscape est régulièrement utilisé, car il est puissant et est assez simple pour créer rapidement des réseaux.

• Les méthodes d'analyses de graphes sont uniquement présentes dans des plugins et non dans le core.
• Le menu contextuel des arcs et nœuds ne fonctionne pas bien lorsque le réseau est trop dense.
• L'API est mal documentée.
• La navigation peut être améliorée.