JabRef

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 27/07/10
  • Correction mineure : 06/12/12
Mots-clés

JabRef : gestion de références bibliographiques et intégration des citations dans un traitement de texte

Description
Fonctionnalités générales

Très utile à l'étudiant et au chercheur, cet outil permet de collecter des références bibliographiques (par saisie manuelle ou par importation) et de pouvoir en extraire tout ou partie des références enregistrées à fin de citation ou de création de bibliographie. Il n'est plus nécessaire, alors, de mémoriser les règles d'écriture des références bibliographiques. Utilisant le format BibTeX, on retrouve dans JabRef les mêmes fonctionnalités que celles décrites par Alain Coulais dans son article sur le format BibTeX : http://www.projet-plume.org/fiche/bibtex mais JabRef offre d'autres fonctionnalités comme :

  • Rechercher dans l'ensemble des données collectées avec la possibilité d'utiliser des opérateurs logiques (ET OU SAUF) ou des expressions régulières
  • Mettre en place des regroupements des références selon des mots-clés ou selon d'autres champs facilitant ainsi la préparation de synthèses documentaires par exemple ou le parcours de la liste de références. Ces regroupements se matérialisent par une table des matières sur le coté gauche de l'écran
  • Le document numérique peut être "attaché" à sa fiche bibliographique quel que soit son format (.doc, .pdf, .ps...)
  • L'importation de références bibliographiques se fait selon différents formats disponibles (voir le paragraphe interopérabilité). Il est également possible de créer ses propres formats d'importation (dans ce cas il faut connaître un peu la programmation JAVA)
  • L'exportation des références est réalisable dans différents formats : RDF, HTML, Docbook, BibTeXML, MODS, RTF, Refer/Endnote et OpenOffice.org et depuis la version 2.4.1 au format MySqL. Cela offre la possibilité de dialoguer avec d'autres outils bibliographiques comme Endnote ou Reference manager, des bases de données MySqL mais aussi d'utiliser différents traitements de texte comme Word Microsoft, Writer OpenOffice.org, LaTeX... La mise en oeuvre de format d'exports personnalisés est simple.
  • Une version en ligne existe maintenant. Il est possible d'utiliser JabRef de cette manière à condition d'avoir la version "Java web Start" installée.
Autres fonctionnalités

L'outil se personnalise :

  • en ajoutant des champs qui ne sont pas des champs BibTeX (mais attention dans ce cas il faudra adapter tous les formats d'imports ou exports standards de manière à prendre en compte ces nouveaux champs). De nouveaux champs comme Patent, Standard, Electronic... ont été ajoutés dans les dernières versions de JabRef.
  • en créant un vocabulaire contrôlé (par exemple pour les mots clés, ou pour les noms de revues)
  • en modifiant l'interface : polices, couleurs, affichage par défaut de champs...
  • en paramétrant l'ouverture d'applications externes (navigateur, traitement de texte, logiciel de lecture des fichiers pdf...)
  • en créant des greffons, ce qui permet d'ajouter au logiciel des fonctions personnalisées. Un nouveau greffon (septembre 2008) permet d'utiliser Jabref avec Open Office pour insérer des citations et produire la liste des références en fin de document. Ce greffon permet de contourner la difficulté que présentait Open Office dans la création de styles bibliographiques.L'usage de la dernière version de ce greffon (v0.71) est très bien expliqué sur le site de lunatic.
  • de nombreux autres greffons ont été réalisés et permettent aux développeurs qui le désirent d'ajouter différentes fonctionnalités comme de nouveaux accès à des bases de données (Science Direct est maintenant accessible), de nouveaux formats d'import, des "formateurs" pour améliorer la mise en forme des données exportées...

Les grandes bases de données comme Medline, Citeseer, IeeXplore, arXiv. JSTOR, Science-Direct.(depuis peu).. peuvent être interrogées via JabRef.

On peut partager un fichier bibliographique sur un réseau d'ordinateurs. Plusieurs utilisateurs peuvent ainsi gérer une base bibliographique commune. De nombreux correctifs à ce sujet ont été apportés.

Interopérabilité

Programmé en Java, JabRef peut tourner sur de nombreux systèmes d'exploitation

Les fichiers sont des fichiers au format BibTeX. Les informations bibliographiques sont donc en ASCII, modifiables par tout éditeur de texte disponible. Ce format est commun à bon nombre de logiciels bibliographiques. L'échange d'informations avec d'autres outils bibliographiques comme End-Note, Reference Manager, Biblioscape... s'effectue à l'aide des fonctions d'import ou d'export. Il est possible de développer ses propres formats d'imports ou d'exports mais la connaissance de la programmation JAVA est nécessaire.
En import, JabRef peut lire les formats RIS, BibTeXML, Biblioscape, Biomail, CSA, Copac, Inspec, ISI, JSTOR (tabulé), Refer/Endnote, Scifinder, Silverplatter, Medline... Un greffon permet aux développeurs d'intégrer plus facilement des formats d'import.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

JabRef accompagne tous les travaux qui nécessitent l'usage des recherches documentaires et des travaux bibliographiques. Compte tenu de la simplicité d'installation et d'utilisation, de son interopérabilité, de la possibilité d'avoir une interface en différentes langues ( à ce jour anglais, français, allemand, italien, hollandais, norvégien, polonais, danois, turc, chinois simplifié), cet outil joue un rôle très important dans un laboratoire de recherche.
Les bibliographies constituées par chaque étudiant, chaque chercheur, peuvent être capitalisées, échangées, enrichies, retravaillées de multiples façons. En particulier la fonctionnalité de regroupement selon des mots clés ou autres champs prend tout son sens lorsque l'on travaille sur un corpus bibliographique sur une longue période avec différents chercheurs.
Enfin, JabRef est l'outil idéal pour gérer l'ensemble des documents numériques se trouvant sur le disque dur de l'utilisateur et transforme ainsi tout disque dur en bibliothèque numérique personnelle.

JabRef a été utilisé pour produire la bibliographie générale du rapport quadriennal demandé par notre tutelle (CNRS). Nous avons utilisé en mot-clés les catégories de documents selon les préconisations de l'AERES. Nous avons ensuite modifié notre export au format rtf (pour travailler avec le logiciel Word) en utilisant la possibilité de grouper les exports en fonction de chaque mot-clé.

Environnement du logiciel
Plates-formes

Fonctionne aussi bien sur Macintosh que sur Windows ou Linux.

Logiciels connexes

Nécessité d'avoir le logiciel Java installé version 1.5 ou plus pour la dernière version de JabRef

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes

Logiciels Libres :
Bibus Bibliographic software
Zotero
Logiciel du commerce :
Endnote
RefManager
Des sites tiennent à jour la liste des différents logiciels personnels de gestion de références bibliographiques :
http://urfist.univ-lyon1.fr/logiciels_gestion_doc.... (Jean-Pierre Lardy)
http://www.burioni.it/forum/ors-bfs/text/wit-toc.html (F. Dell'Orso)
Le projet ECLORE permettra de fournir des clés de comparaison et d'évaluation de l'offre dans ce domaine.

Environnement de développement
Eléments de pérennité

La communauté autour de JabRef est très active. La documentation en ligne est maintenant accessible en trois langues : anglais, français, allemand.

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

http://sourceforge.net/mail/?group_id=92314

Des articles publiés par Stéphane Toulin du Réseau des Professionnels de l’Information Scientifique et Technique (ARPIST) :
http://doc.dr15.cnrs.fr/spip.php?article109
http://www.arpist.cnrs.fr/spip.php?article124

Documentation utilisateur
Divers (astuces, actualités, sécurité)

Pour utiliser le greffon Open Office. Il faut absolument modifier la feuille de style fournie de base. Celle-ci est adaptée à la version anglaise de Open Office. Il faut donc éditer (avec un éditeur de texte) la feuille de style et modifier les lignes 12 et 13 suivantes comme suit (respecter les majuscules en début de mot):
ReferenceParagraphFormat=Standard
ReferenceHeaderParagraphFormat=Titre 1

Contributions

Différentes possibilités : aide à la traduction de la documentation, développement de formats d'import et de formats d'export et bien sûr pour ceux qui maitrisent Java développement de nouvelles fonctionnalités.

Commentaires

Il est possible d'utiliser ce

Il est possible d'utiliser ce que Jabref appelle "les sorties groupées" à partir d'un champ. Pour les rapports quadriennaux, il n'est pas nécessaire de créer de nouveaux champs. Il suffit de créer des mots clés (keywords) correspondants aux différentes catégories voulues puis d'utiliser dans les formats d'export en début de fichier gabarit, la commande
\begingroup{keywords}
Catégorie: \format[HTMLChars]{\keywords}
\endgroup{keywords}

Pourquoi je préfère JabRef à Zotero?

C'est écrit sur le blog Bafouillages :
http://blog.bafouillages.net/index.php?post/2009/1...

connaissance de la programmation JAVA est nécessaire : ah bon !

En utilisant les filtres proposés sous http://www.markschenk.com/tools/jabref/, je m'en sors assez bien sans connaître JAVA avec une bonne expérience XHTML.

--

Françoise Pinsard
LOCEAN - IPSL
UMR 7159 CNRS/IRD/UPMC/MNHN
Université Pierre et Marie Curie aile 45-55 5e étage pièce 516
Case 100 - 4 Place Jussieu 75252 Paris cedex 05
Tél. +33 1 44 27 47 65 Fax +33 1 44 27 71 59
mailto:Francoise.Pinsard_at_locean-ipsl.upmc.fr

Formats d'export sans Java oui; Formats d'imports non

Effectivement les formats d'export ne nécessitent pas de connaissances particulières en Java mais cette connaissance est nécessaire pour réaliser des formats d'import et particulièrement si l'on veut pouvoir importer des données bibliographiques de catalogues de bibliothèques n'offrant pas les formats d'export les plus répandus comme BibTeX, RIS ou ENdnote.

organisation par type de publication (rang A, B, etc.)

Bonjour

Certaines de nos tutelles demandent des rapports annuels
avec ce genre de catégories :
- articles dans des revues scientifiques à comité de lecture ;
- articles dans des revues scientifiques sans comité de lecture ;
- ouvrages scientifiques ;
- chapitres d’ouvrages scientifiques ;
- directions d’ouvrage (ou éditeurs scientifiques) ;
- communications publiées dans des actes de
colloques (donner toutes les indications
permettant au lecteur de se reporter au résumé) ;
- cartes avec notices ;
- rapports et autres publications.

Est-ce que qq'un a une idée d'adaptation des filtres
proposés sous http://www.markschenk.com/tools/jabref/ comme par exemple "List of References" pour classer nos publications (la plupart de type "article au sens bibtex) ainsi quitte à ajouter des nouveaux champs.

Cordialement

--
Françoise Pinsard
LOCEAN - IPSL
UMR 7159 CNRS/IRD/UPMC/MNHN
Université Pierre et Marie Curie aile 45-55 5e étage pièce 516
Case 100 - 4 Place Jussieu 75252 Paris cedex 05
Tél. +33 1 44 27 47 65 Fax +33 1 44 27 71 59
mailto:Francoise.Pinsard_at_locean-ipsl.upmc.fr

organisation par type de publication (rang A, B, etc.)

Il n'est pas nécessaire de créer de nouveaux champs. Il suffit de créer des mots clés correspondants au catégories désirées puis de créer un (des) fichiers gabarit.layout avec au début du fichier la commande

\begingroup{keywords}
\format[HTMLChars]{\keywords}
\endgroup{keywords}

on peut aussi utiliser à l'intérieur de cette commande le formatteur
[Replace("mot cle,libellé de la catégorie")] pour indiquer à quoi correspond ce regroupement.

Par exemple si le mot clé ACL correspond aux publications dans des revues avec comité de lecture, on aura [Replace("ACL,publications dans des revues avec comité de lecture")]