Mobyle est un framework permettant l'exécution de logiciels de bioinformatique par l'intermédiaire d'un portail web.

À partir de fichiers XML décrivant chacun des logiciels mis à disposition (BLAST ou Clustal par exemple), une interface web est générée automatiquement au sein du portail web.

Cette interface permet aux utilisateurs de lancer les analyses bioinformatiques sur leurs données, via une interface web, et sans avoir à installer les logiciels et données nécessaires sur leur poste de travail.

L'accent est mis sur la réutilisation des données entre les différents logiciels grâce au typage de ces données. Chaque donnée envoyée sur le portail ou produite par un logiciel (par exemple : séquence d'ADN) est disponible pour tous les logiciels du portail capables de traiter des données de ce type. Ceci permet d'enchaîner les traitements directement sur le portail.

• Validation des données utilisateurs selon les critères définis dans chaque fichier XML de description.
• Stockage pérenne (durée configurable dans le système) des données et des jobs sur le portail pour les utilisateurs authentifiés.
• Utilisation transparente des banques de données intégrées au portail (l'utilisateur peut rentrer directement un numéro d'accession pour remplir un paramètre du formulaire d'un programme).
• Les logiciels sont exécutés soit directement sur le serveur ou bien (le plus souvent) en utilisant un gestionnaire de tâches de type SGE ou PBS pour une exécution sur un cluster de calcul.
• Possibilité sur chaque portail d'accéder de façon transparente à des logiciels mis à disposition sur d'autres sites (projet IBiSA MobyleNet). Par exemple : sur le portail web de GenOuest, possibilité d'exécuter des logiciels mis à disposition sur le site de l'Institut Pasteur.
• Déploiement de web services BioMOBY avec PlayMOBY.
• Définition de workflows en XML supporté.
• Ontologie sur les types d'entrée/sortie pour lier les outils avec conversion de type automatique lorsque supportés.
• Statistiques Google Analytics (option).
• Possibilité de définir des Viewers i.e. attacher un outil de visualisation à un type de sortie particulier (Jalview sur un alignement par exemple).
• Export/Import de programmes entre différents portails Mobyle.

Le format des fichiers XML de description est spécifique à Mobyle et hérité de ses prédécesseurs : Pise et le P-server.
Brièvement, chaque fichier comprend une description générale du logiciel et une liste de paramètres du logiciel.
Le format est documenté et un schéma Relax NG est fourni.

Le framework est livré avec une collection de plus de 300 fichiers de description pour les logiciels les plus courants.

D'autre formats comme ACD existent pour ce type d'usage, mais il n'existe pas de convertisseurs entre ces formats.

En ce qui concerne la plateforme GenOuest, son utilisation permet de mettre à disposition rapidement de nouvelles applications (en plus de celles déjà disponibles) dans un portail intégré. La mise en ligne d'un logiciel prend en général quelques dizaines de minutes.

Du point de vue des utilisateurs, le portail web a l'avantage d'être un environnement de travail permettant d'enchaîner les analyses de façon simple et assez conviviale. À condition bien sûr de traiter une quantité raisonnable de données (limitation commune à toutes les interfaces web).