Mychem

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 30/03/12
  • Correction mineure : 30/03/12

Mychem : manipulation de données chimiques dans MySQL

Description
Fonctionnalités générales

Mychem permet d'ajouter une composante métier chimie à MySQL à travers un ensemble de 50 fonctions. Ces fonctions permettent d'effectuer des opérations courantes, tel que le calcul de masse moléculaire, ou bien encore de générer des fingerprint, de calculer des coefficients de Tanimoto et de faire des recherches par sous-structure.

Le logiciel Mychem utilise la boîte à outils Open Babel et est intégré à MySQL via le système des UDFs (User-Defined Functions). Le projet comporte également une documentation détaillée.

Autres fonctionnalités
  • Détermination du SMILES (canonique ou non), du code Inchi
  • Calcul de propriétés chimiques (LogP, PSA, MR, masse moléculaire, ...)
Interopérabilité

Les formats de fichiers supportés par Mychem sont :

  • CML
  • MDL Molfile
  • InChI
  • Sybil Mol2
  • PDB
  • SMILES
Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

J'utilise ce logiciel personnellement pour maintenir une base de données chimique. Cet outil est très efficace pour stocker les molécules sur lesquelles je travaille et pour effectuer des recherches structurales.

Environnement du logiciel
Plates-formes

Systèmes d'exploitation supportés :

  • GNU/Linux (toutes distributions)
  • Mac OS X (10.4 et ultérieur testé)
  • MS Windows (XP et ultérieur testé)

Versions de MySQL supportées :

  • v5.0
  • v5.1
Logiciels connexes
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
  • Pgchem : logiciel sous licence GPL/LGPL fonctionnant avec PostgreSQL
  • OrChem : logiciel sous licence LGPL fonctionnant Oracle
  • Molcart : logiciel propriétaire fonctionnant avec MySQL.
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Mychem est développé et maintenu par un groupe de 3 développeurs.

Eléments de pérennité

Le logiciel bénéficie de corrections régulières et est maintenu depuis 2007. Les sources sont mises à disposition sur le site de SourceForge et sont accessibles par tous. De plus, la licence GPL permet à n'importe qui de reprendre le développement. Le code est également documenté et se base sur Open Babel, un logiciel reconnu dans le domaine.

Le logiciel est en cours de test avec MariaDB. Le logiciel MariaDB est un système de gestion de base de données libre, qui est complètement compatible avec MySQL 5.1 et distribué sous licence GPL.

Références d'utilisateurs institutionnels
Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Listes de diffusion :

  • mychem-devel : discussion sur l'orientation des développements
  • mychem-discuss : aide aux utilisateurs, proposition de nouvelles fonctionnalités, ...
Documentation utilisateur

http://mychem.sourceforge.net/doc/

Divers (astuces, actualités, sécurité)

La documentation à télécharger contient de nombreux exemples, ainsi que les indications nécessaires pour l'installation du logiciel :
http://sourceforge.net/projects/mychem/files/docum...

Contributions

Deux possibilités pour contribuer au logiciel :