Mychem
Mychem permet d'ajouter une composante métier chimie à MySQL à travers un ensemble de 50 fonctions. Ces fonctions permettent d'effectuer des opérations courantes, tel que le calcul de masse moléculaire, ou bien encore de générer des fingerprint, de calculer des coefficients de Tanimoto et de faire des recherches par sous-structure.
Le logiciel Mychem utilise la boîte à outils Open Babel et est intégré à MySQL via le système des UDFs (User-Defined Functions). Le projet comporte également une documentation détaillée.
- Détermination du SMILES (canonique ou non), du code Inchi
- Calcul de propriétés chimiques (LogP, PSA, MR, masse moléculaire, ...)
Les formats de fichiers supportés par Mychem sont :
- CML
- MDL Molfile
- InChI
- Sybil Mol2
- PDB
- SMILES
J'utilise ce logiciel personnellement pour maintenir une base de données chimique. Cet outil est très efficace pour stocker les molécules sur lesquelles je travaille et pour effectuer des recherches structurales.