SHELX
Suite d'outils pour la résolution et l'affinement de structures cristallographiques (plus particulièrement les petites molécules):
shelxs
pour réaliser le phasage initial, il peut utiliser soit les méthodes directes, soit la méthode des atomes lourds (Patterson)shelxl
pour les affinements au moindre carrés et les cartes de densités électroniques résiduelles (cartes de Fourier).shelxd
etshelxe
sont des outils semblables à shelxs mais pour les macromolécules (je n'en sais pas plus).shelXle
une interface graphique (Qt/C++, licence LGPL) a été ajoutée en 2011 (enfin!)
La version commerciale de SHELX, SHELXTL, contient, en plus, deux autres programmes :
xprep
: pour préparer les fichiers d'entrée et analyser la symétrie des données (Détermination du groupe d'espace).xp
: pour visualiser (en 3D) la structure. xp peut être remplacé par mercury (du CCDC) pour les petites molécules ou coot (du CCP4) pour les macromolécules.
Format d'entrée :
hkl : fichier ascii, 5 colonnes de nombres (3 entiers, 2 réels) contenant h, k, l, F², sigma(F²); une réflexion par ligne, la dernière ligne du fichier ne contenant que des champs nuls.
Format de sortie : res
, lu par beaucoup d'autres programmes.
Shelx propose par ailleurs des sorties au format CIF
(mot clé ACTA) et PDB
(mot clé WPDB)
Les programmes SHELX sont utilisés par la majorité des cristallographes travaillant sur les petites molécules.
La version commerciale est principalement distribuée par Bruker.
Nécessite un minimum d'apprentissage à cause de l'absence d'interface graphique:
«L'interface» est, en fait, un fichier d'instructions ".ins" qui contient des mots clés et décrit la structure.
Les réflexions sont dans un fichier ".hkl", avec 5 colonnes de nombres correspondant à h, k, l, F² et sigma(F²)
le fichier de sortie est un fichier ".res", identique au format ".ins" mais contenant les modifications apportées par le programme.
Les logs détaillés sont dans le fichier ".lst" Comme le travail est itératif, il est important de bien maîtriser un éditeur de texte (vi, nedit, jedit, notepad) ainsi que les commandes de copie et de déplacement de fichiers de son système d'exploitation.
Récement une interface graphique (shelXle) a été apportée à SHELX ; elle est décrite dans J. Appl. Cryst. (2011) 44, 1281-1284.
Il faut noter qu'il existe d'autres éditeurs graphiques : sxgraph sous le logiciel WINGX (sous licence académique). Il ne s'agit pas d'un logiciel en lui même mais d'un guide qui permet d'utiliser différents programmes de résolution, d'affinement, de dessin, de calculs géométriques etc.