X!TandemPipeline

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 26/10/13
  • Correction mineure : 26/10/13
Mots-clés

X!TandemPipeline : filtrage, édition, regroupement de résultats d'identifications MS

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Description
Fonctionnalités générales

X!TandemPipeline est une interface graphique permettant la visualisation, l'analyse et l'export des résultats de recherche en banque de données, produits par le logiciel X!Tandem à partir d'informations MS/MS.

X!TandemPipeline utilise le logiciel X!Tandem pour le traitement des spectres MS/MS et l'identification des peptides dans une banque de données de séquences protéiques. Il offre la possibilité de définir facilement une liste complète de paramètres d'interrogation des banques de données et permet d'interroger plusieurs banques simultanément. Il permet de lancer plusieurs interrogations simultanément.

X!TandemPipeline permet également de filtrer les résultats d'identification selon des seuils statistiques ajustables, et de gérer efficacement la redondance d'information dans de très larges quantités de données grâce à un algorithme de regroupement original.

X!TandemPipeline est aussi une interface qui offre la possibilité de visualiser et d'éditer les résultats MS/MS.

Autres fonctionnalités
  • L'interrogation des listes de spectres peut être réalisée à partir de formats de "peak-lists" libres tels que mzXML, mgf, mzDATA, etc.
  • Le filtrage des résultats peut être effectué à partir de fichiers XML générés par X!Tandem ou à partir de fichiers DAT générés par le logiciel MASCOT
  • X!TandemPipeline est une interface permettant de filtrer des données de phosphoprotéomique complexes
  • X!TandemPipeline permet l'export des résultats sous différents formats (Microsoft Office 2010, OpenOffice et LibreOffice)
  • X!TandemPipeline permet l'export des résultats au format MassChroQml (compatible avec le logiciel MassChroQ) pour la quantification des peptides identifiés
  • X!TandemPipeline permet l'export des séquences des protéines identifiées dans un format standardisé de type FASTA
Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service
  • Analyse large-échelle des protéomes et phosphoprotéomes
  • Analyse comparée de grandes séries d'échantillons de type bandes de gel SDS-PAGE
Environnement du logiciel
Logiciels connexes

X!Tandem

Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Plateforme PAPPSO

Références d'utilisateurs institutionnels
  • INRA
  • UR1268 BIA - Plate-forme IBiSA « Biopolymères, Biologie Structurale » (BIBS)
Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Souscription possible à la liste de diffusion "pappso-tool" à http://pappso.inra.fr/mailinglist.php

Documentation utilisateur

Documentation en anglais disponible à http://pappso.inra.fr/bioinfo/xtandempipeline/docu...

Contributions