Les fiches logiciel suivies par le responsable thématique manu
Dans le projet PLUME, chaque responsable thématique a en charge un certain nombre de fiches qu'il n'a pas rédigées mais qu'il suit (contact direct avec l'auteur, recherche de relecteurs, relecture, mise à jour...).
Logiciel![]() |
Description | Workflow | MAJ majeure |
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APE | éditeur d'ADN en général et plasmides en particulier |
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07/03/2013 |
Apollo | visualisation et édition d'annotations génomiques |
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31/08/2012 |
BASE | stockage et analyse de données de puces à ADN |
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02/12/2011 |
BioPerl | bibliothèque Perl de modélisation et traitement de données de biologie |
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24/10/2011 |
BLAST | comparaison de séquences nucléiques ou protéiques |
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11/07/2011 |
chimera | visualisation de protéines, petites molécules... |
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03/05/2012 |
circos | visualisation synthétique de données de génomique comparée (ou tout autre réseau) |
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05/10/2011 |
Coot | modélisation et validation de structures de protéines |
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11/10/2011 |
CraneFoot | visualisation graphique d'arbres familiaux (pedigree) |
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24/12/2009 |
Cytoscape | visualisation et analyse des réseaux d’intéraction |
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26/10/2013 |
Emacs | éditeur de texte |
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26/10/2013 |
EMBOSS | suite logicielle pour les analyses bioinformatiques |
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26/09/2011 |
ergatis | moteur de workflow |
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16/02/2012 |
Galaxy | plateforme pour analyser les données génomiques |
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02/10/2011 |
GBrowse | Generic Genome Browser : visualisateur d’informations à l’échelle génomique |
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20/01/2012 |
ImageJ | analyse d'images multiplateformes |
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14/05/2013 |
IMPUTE | estimation des génotypes de SNPs non directement génotypés par des instruments |
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06/05/2009 |
lucene | moteur d'indexation et de recherche |
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28/01/2013 |
Mobyle | framework pour intégrer les logiciels bioinformatiques |
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16/04/2012 |
pDRAW32 | outil de biologie moléculaire (annotations, analyse, clonage, restriction enzymatique) |
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04/10/2011 |
PLINK | analyse de type "génome-entier" |
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06/05/2009 |
python | langage multi-paradigme et multi-usage |
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12/09/2013 |
Ruby | langage de script orienté objet |
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27/02/2012 |
samtools | Manipuler des alignements au format SAM/BAM (biologie) |
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20/01/2012 |
SHELX | résolution et affinement de structures cristallographiques |
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07/02/2012 |
SNPTEST | analyses d’association “génome-entier” à partir de SNPs |
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06/05/2009 |
Taverna | Conception de workflows et moteur d'exécution |
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12/10/2011 |
THESIAS | génétique statistique : test d'association haplotypes - phénotype chez des individus non apparentés |
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26/09/2011 |
Valgrind | débogueur spécialisé dans la gestion de la mémoire |
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16/02/2012 |
Vector NTI | gestion et analyses de molécules biologiques (ADN ou protéines) |
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22/10/2008 |
WinMDI | analyse des données de cytométrie (biologie) |
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04/10/2011 |
Wt | framework en C++ pour développer des interfaces graphiques pour applications web |
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