ImageJ

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 14/05/13
  • Correction mineure : 15/11/13
  • Rédacteur de la fiche : Thomas Boudier - Institut de Biologie Intégrative (Université Pierre et Marie Curie)
  • Relecteur(s) : Eddie Iannuccelli (LGC INRA Toulouse)
    Nicole Quenech'du (LPPA)
  • Contributions importantes : Nicolas Lebas, contributeur initial de la fiche ImageJ, a souhaité passer la main en Mars 2013.
  • Responsable thématique : Emmanuel Courcelle (LIPM)
Mots-clés

ImageJ : analyse d'images multiplateformes

Description
Fonctionnalités générales

ImageJ est un logiciel libre multiplateforme d’analyse et de traitement d’images, inspiré à l’origine du logiciel NIH Image pour Macintosh.

Un certain nombre de traitements d'images basiques sont disponibles par défaut : seuillage, filtrage, morphologie mathématique, comptage d'objets... Beaucoup d'autres fonctionnalités sont disponibles sur le web sous forme de plugins ou de macros.

Autres fonctionnalités

ImageJ est un logiciel évolutif pour lequel il est possible d’ajouter des fonctionnalités sous la forme de plugins Java, de javascripts ou de macros (instructions propres à ImageJ). De nombreux plugins sont disponibles sur différents sites. Outre le site principal qui regroupe de nombreux plugins, un site wiki communautaire est disponible sur le site de TUDOR. La distribution Fiji vise à faciliter l'installation de ces plugins et à ajouter des fonctionnalités de scriptings dans d'autres langages (closure, python, ruby, ...). Des modules de visualisation 3D sont présents comme VolumeViewer ou 3D Viewer qui utilise Java3D pour un rendu interactif. Pour la partie filtrage et analyse 3D, une suite 3D a été développée.

Interopérabilité

Le logiciel lit et exporte les images dans les formats les plus courants (TIFF, BMP, JPG, GIF, PNG, PGM, FITS et ASCII...). L'ouverture des fichiers aux formats propriétaires de microscopie (Leica, Zeiss, ...) ainsi que DICOM sont disponibles avec le plugin LOCI-bioformats, ce plugin lit les données images ainsi que les métadonnées (longueur d'ondes, objectifs, ...) associées aux images.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

ImageJ est devenu de fait la référence en traitement et analyse d'images en biologie. Il fait l'objet de nombreuses formations, une conférence internationale lui est consacrée tous les deux ans. Nous l'utilisons quotidiennement pour l'analyse automatique 3D en utilisant et développant nos propres plugins et macros. ImageJ n'ayant pas été développé à la base pour une utilisation multidimensionnelle (3D, 4D et 5D), les bibliothèques de classes ne sont pas très faciles à utiliser dans ce cas ; les programmeurs chevronnés apprécieront la nouvelle mouture ImageJ2, toujours en version beta.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Les limitations sont surtout dues au langage de programmation dans lequel ImageJ a été écrit : Java.
Il est donc un peu lent (surtout pour de gros traitements) et parfois gourmand en mémoire. De plus, certains systèmes limitent la taille maximum de mémoire allouée pour la machine virtuelle Java.

La possibilité d'écrire soi-même ses propres plugins est un plus mais demande une connaissance du langage Java.

Environnement du logiciel
Plates-formes

Toutes les plate-formes sur lesquelles Java est utilisable.

Logiciels connexes

Fiji (intègre de nombreux plugins et une installation simplifiée)

MacBiophotonics distribution (seulement pour Windows)

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes

BioImageXD (licence GPLv2)

ICY (licence GPLv3)

Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Développement principalement académique, avec quelques développements industriels.

Eléments de pérennité

Large communauté d'utilisateurs et de contributeurs à travers le monde.

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Les différentes listes de diffusion sont disponibles ici.

Documentation utilisateur

http://imagej.nih.gov/ij/docs/index.html

Les éditions Springer proposent des livres de traitement et analyse d'images basés sur ImageJ, pour à la fois les utilisateurs et les développeurs Java (voir le site des auteurs).

Contributions

Le site Wiki de TUDOR permet facilement de contribuer soit en rédigeant de la documentation (tutorial, vidéo, ...) soit en déposant son plugin ou sa macro. Les développeurs chevronnés apprécieront le GIT de Fiji.

Commentaires

Formation ImageJ

"Les bases du logiciel imageJ"
Lundi 21 au Mercredi 23 Octobre 2013, Organisé par la plateforme MRI (Montpellier RIO Imaging).

Formation sur imageJ

Atelier de Formation "Les bases du logiciel imageJ"

BioCampus, en collaboration avec la plateforme MRI (Montpellier RIO Imaging), organisent un atelier de formation "Les bases du logiciel imageJ". Cet atelier se déroulera du 13 au 15 mai 2013 à Montpellier à la Délégation Régionale du CNRS.

Plus d'information : http://www.mri.cnrs.fr/index.php?m=8&c=283