APE
Description
Fonctionnalités générales
Carte de restrictions de plasmides ou fragment ADN
Annotation rapide de plasmides.
Autres fonctionnalités
- Recherche directe en blast sur NCBI
- Alignement de séquences
- Recherche d'ORF
- Recherche d'oligonucléotides.
- Possibilité de faire des recombinaisons de type LR et BP (Gateway, invitrogenTM)
- Possibilité d'aligner des électrophoregrammes de séquençage (type ABI) (mais pas plus de deux, donc pas de contiguage possible, plutôt pour faire des vérifications de clonage)
Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service
- Dixit Coralie Carron: Cet outil est utilisé au sein du laboratoire par une dizaine-quinzaine de personnes, notamment pour tout ce qui est collection de plasmides, clonage et plan de digestions pour vérification.
- Utilisé personnellement (Coralie Carron) pour plusieurs raisons: gratuit, utilisable sur Mac comme sous Windows, assez intuitif malgré une apparence trompeuse.
- Je (Nemo Peeters) ne l'utilise pas régulièrement, mais c'est bien fait.
Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes
- Pas de plan de clonage possible comme dans clonemanager.
- Pas d'annotations possibles sur les protéines, dommage que l'on ne puisse pas avoir la traduction directement sous la portion d'ADN
- Pas une grande documentation mais c'est suffisant pour comprendre globalement le fonctionnement.
- Manque une base de donnée intuitive intégrée.