APE

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 07/03/13
  • Correction mineure : 07/03/13
  • Rédacteur de la fiche : Nemo Peeters - LIPM (INRA, CNRS)
  • Relecteur(s) : Sébastien Aubourg (URGV)
  • Contributions importantes : Coralie Carron a rédigé la première version de cette fiche, avant d'être remplacée par Nemo Peeters
  • Responsable thématique : Emmanuel Courcelle (LIPM)
Mots-clés
Pour aller plus loin

APE : éditeur d'ADN en général et plasmides en particulier

Description
Fonctionnalités générales

Carte de restrictions de plasmides ou fragment ADN
Annotation rapide de plasmides.

 

Autres fonctionnalités
  • Recherche directe en blast sur NCBI
  • Alignement de séquences
  • Recherche d'ORF
  • Recherche d'oligonucléotides.
  • Possibilité de faire des recombinaisons de type LR et BP (Gateway, invitrogenTM)
  • Possibilité d'aligner des électrophoregrammes de séquençage (type ABI) (mais pas plus de deux, donc pas de contiguage possible, plutôt pour faire des vérifications de clonage)
Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service
  • Dixit Coralie Carron: Cet outil est utilisé au sein du laboratoire par une dizaine-quinzaine de personnes, notamment pour tout ce qui est collection de plasmides, clonage et plan de digestions pour vérification.
  • Utilisé personnellement (Coralie Carron) pour plusieurs raisons: gratuit, utilisable sur Mac comme sous Windows, assez intuitif malgré une apparence trompeuse.
  • Je (Nemo Peeters) ne l'utilise pas régulièrement, mais c'est bien fait.
Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes
  • Pas de plan de clonage possible comme dans clonemanager.
  • Pas d'annotations possibles sur les protéines, dommage que l'on ne puisse pas avoir la traduction directement sous la portion d'ADN
  • Pas une grande documentation mais c'est suffisant pour comprendre globalement le fonctionnement.
  • Manque une base de donnée intuitive intégrée.

 

Environnement du logiciel
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes

 

  • GRATUITS: pDRAW, CLC view
  • PAYANTS: VectorNTi, Clone Manager, Geneious, CLC bench
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Logiciel apparemment écrit par Wayne Davis du "Jorgensen Lab" de l'Université de l'Utah.

 

Eléments de pérennité

la version linux est ancienne et donc apparemment le développement est focalisé sur Mac et windows

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Il existe un wiki pour l'aide et la documentation (http://ape-a-plasmid-editor.wikispaces.com)

Documentation utilisateur

Il existe un wiki pour l'aide et la documentation (http://ape-a-plasmid-editor.wikispaces.com)