chimera

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 03/05/12
  • Correction mineure : 03/05/12
  • Rédacteur de la fiche : Lionel Nauton - Institut de Chimie De Clermont-Ferrand (ICCF) (Univ. Blaise Pascal de Clermont-Ferrand, CNRS)
  • Relecteur(s) : Lionel Mourey (IPBS)
  • Responsable thématique : Emmanuel Courcelle (LIPM)
Mots-clés

chimera : visualisation de protéines, petites molécules...

  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Téléchargement
  • Version évaluée : chimera-1.6.1
  • Langue(s) de l'interface : anglais
  • Licence : Licence propriétaire

    Ce logiciel est mis à disposition gratuitement pour le monde académique, la seule contrainte est de respecter les modalités de citation du programme en cas de publication. Le logiciel est téléchargeable, après acceptation de la licence, avec les sources.

Description
Fonctionnalités générales

Chimera est un logiciel de manipulation et visualisation de protéines et de petites molécules, permettant de visualiser des structures et des cartes de densité électronique dans de nombreux formats différents. Il permet de produire des images et des animations de haute qualité (voir la galerie sur le site). Il a de plus l’avantage d’être disponible pour de nombreuses plateformes (Windows, Mac OS X, GNU/Linux, IRIX) et architectures (intel, ppc, X86_64, ia64).
Il est de prise en main facile et rapide, grâce à de nombreux tutoriels disponibles, tout en permettant aussi de faire des choses très sophistiquées.

Autres fonctionnalités
  • Les fichiers PDB : un grand nombre de visualisations différentes, Stick, Wire, ribbons, sont disponibles, la gestion des couleurs permet une discrimination des différents modèles très aisée.
  • La superposition de modèles est facile grâce à un module "match align" qui fait de l'alignement de séquences, et permet donc de faire de la comparaison de structure de façon simple et rapide.
  • Les cartes de densité électronique : plusieurs types de formats de cartes sont accessibles, en mode mesh ou solid, avec des options de transparence très performantes.
  • Chimera permet également de visualiser des trajectoires de dynamique moléculaire, des résultats d'amarrage moléculaire (docking), des structures complexes (architectures supramoléculaires).
Interopérabilité

Les formats donnés en exemple sont ceux les plus utilisés dans notre laboratoire (ICCF) mais il existe près de 50 formats différents.

Les formats lus sont :

  • pour les séquences, FASTA, .fasta , .afa, .afasta, .fa ;
  • pour les fichiers de structures, .pdb, .mol, .imol, .mol2 ;
  • les cartes de densité électronique XPLOR, CCP4, CNS, MRC ;
  • les fichiers de docking, type gaussian, dock.

Les formats d'enregistrements sont :

  • pour les fichiers de structures, .pdb, .mol2 ;
  • pour les images, .tiff, .jpg... ;
  • pour les videos, .mov, .mpeg(2,3,4).
Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Ce logiciel est utilisé dans notre laboratoire ICCF de façon quotidienne pour la visualisation de structures de protéine et de résultats de docking. Notre choix s'est porté sur ce logiciel pour plusieurs raisons : la première étant sa gratuité pour le milieu académique, la deuxième sa prise en main plus simple que des logiciels déjà existants (tels que Pymol ou Swisspdbviewer), et troisièmement des tutoriels très bien faits qui montrent le potentiel du logiciel.

Le gros avantage de ce produit est sa prise en main très rapide, grâce à une logique de fenêtre bien pensée. Les plus gros utilisateurs pouvant comme avec Pymol se lancer petit à petit dans un système de ligne de commande, l'avantage par rapport à Pymol est que toutes les commandes sont accessibles par menu déroulant, les novices ne sont donc pas obligés d'apprendre le langage du programme pour avoir accès à toutes les fonctionnalités.

Environnement du logiciel
Plates-formes

Programme fonctionnant sous :

  • environnements Windows (XP et vista), Mac OS X, GNU/Linux (Red Hat ou Fedora), IRIX (mips)
  • architectures intel, ppc, amdX86_64, ia64 (version IRIX avec l'émulateur quicktransit)
Logiciels connexes
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Ce logiciel est développé par le laboratoire Resource for biocomputing, visualization, and informatics (RBVI) de l'Université San Francisco Californie : http://www.cgl.ucsf.edu/

Eléments de pérennité

Il s'agit d'un développement suivi, mené par une équipe de scientifiques reconnus du Computer Graphics Laboratory à l'UCSF. Il a fait l'objet de plusieurs publications (citées sur le site).

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Une "mailing list" est en place, avec une bonne réactivité, qui permet de poser des questions sur l'utilisation du logiciel, son installation et sur son évolution, cette "mailing list" est une aide précieuse dés que l'on avance dans la prise en main du logiciel : http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/feedback.html

Documentation utilisateur

Nombreux tutoriels disponibles sur le site de l’ UCSF : http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/

Divers (astuces, actualités, sécurité)

Depuis la version 1.5, de nombreuses fonctionalités concernant la géométrie ont fait leur apparition, il est ainsi possible de calculer, entre autres,les écarts par rapport à un plan.

Le mode Ortep, apprécié des chimistes, se retrouve sous le nom de "Thermal ellipsoids" avec un rendu pour les publications de très bonne facture.