circos

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 06/10/11
  • Correction mineure : 25/11/13
Mots-clés

circos : visualisation synthétique de données de génomique comparée (ou tout autre réseau)

Description
Fonctionnalités générales

Circos a été conçu pour représenter des chromosomes et les liens entre ces chromosomes. La représentation adoptée est circulaire, ce qui permet selon l'auteur de représenter un maximum de données relationnelles tout en minimisant la surface utilisée.

Circos permet de représenter les chromosomes sous forme d'arcs de cercle et d'y ajouter tout type d'information (bandes cytogénétiques, gènes, exons, emplacement des régions promotrices, etc). À chaque élément peut être associé un nom, et une ou plusieurs couches d'informations supplémentaires placées de part et d'autre de l'arc de cercle représentant le chromosome. Il est possible de représenter des données se distribuant le long des chromosomes sous différentes formes (nuage de points, histogramme, diagramme...). Un exemple classique serait la représentation du taux de GC. Les liens entre les chromosomes (ou entre les sous-éléments des chromosomes) sont représentés sous la forme de rubans plus ou moins étroits, qui peuvent passer par l'intérieur ou l'extérieur du cercle défini par les chromosomes.

Il est également possible de dilater certaines zones des chromosomes afin de mettre en évidence des détails plus fins. Les idéogrammes en forme d'arc (les chromosomes) peuvent se placer à différentes distances du centre.

La configuration de la représentation se fait au moyen d'un fichier de type Apache, à partir duquel il est possible d'inclure d'autres fichiers. Les images générées peuvent être matricielles (format PNG) ou vectorielles (format SVG). En fonction de la complexité des données à tracer et du niveau de détails requis par l'utilisateur, le temps de génération et le poids des fichiers peuvent être important : de quelques minutes à plusieurs heures, et de quelques centaines de kilo-octets à quelques dizaines de méga-octets.

Autres fonctionnalités

Bien que le logiciel ait été écrit à la base pour la représentation des chromosomes, il permet de représenter n'importe quels liens sous forme circulaire. Le site du logiciel indique que Circos a été utilisé par les médias pour représenter le temps de parole des candidats à la présidence américaine, les liens entre les personnages de la série "Lost" ou encore les liens entres des tables d'une base de données.

Interopérabilité

Le fichier de configuration est de type Apache.
Les fichiers de données sont dans un format texte tabulé propre à Circos, mais proche du format Bed.
La sortie graphique utilise des formats graphiques standards (png ou svg).

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Circos a été intégré au site Narcisse (navigateur de génomes comparés) pour représenter les liens de synténies entre les chromosomes des organismes.
Actuellement, la représentation proposée est la plus simple (idéogrammes des chromosomes simples, pas d'autres graphiques que les liens, pas de label). Circos est capable de générer une carte de clic (map) qui nous permet de rediriger vers notre propre représentation. http://narcisse.toulouse.inra.fr/animals/cgi-bin/n... pour un exemple de Circos intégré à Narcisse

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Il est difficile de maitriser rapidement toutes les fonctionnalités. Si on est pressé, je recommande de partir de l'un des fichiers de configuration utilisé dans le tutoriel (très complet).

Environnement du logiciel
Plates-formes

Ce logiciel s'exécute sur tout système pouvant exécuter un programme Perl.
Ce logiciel demande d'installer des modules du CPAN.

Environnement de développement
Eléments de pérennité

Le logiciel est distribué sous licence GPL, une seule personne le développe.
Un groupe Google existe pour gérer les problèmes des utilisateurs.

Références d'utilisateurs institutionnels

http://mkweb.bcgsc.ca/circos/in_literature/
Cette page liste les publications ayant utilisé une représentation de Circos.
Circos a été présenté au "Bioinformatics and Comparative Genome Analysis course" (http://www.pasteur.fr/~tekaia/BCGA2010/BCGA2010_Pr...) à l'institut Pasteur.

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
Documentation utilisateur