CraneFoot

Fiche logiciel à valider
  • Création ou MAJ importante : 24/12/09
  • Correction mineure : 27/01/11
  • Rédacteur de la fiche : Stefan Gaget - Génomique et physiologie moléculaire des maladies métaboliques (CNRS, Université de Lille2, Institut Pasteur de Lille)
  • Responsable thématique : Emmanuel Courcelle (LIPM)
Mots-clés
Pour aller plus loin
  • Fiches logiciel PLUME connexes : TASE

CraneFoot : visualisation graphique d'arbres familiaux (pedigree)

Ce logiciel est en cours d'évaluation par la communauté PLUME. Si vous utilisez ce logiciel en production dans notre communauté, merci de déposer un commentaire.
Description
Fonctionnalités générales

Le logiciel Cranefoot permet de visualiser graphiquement des arbres familiaux. Il permet d'en obtenir des représentations rapides et simples. L'utilisateur a la possibilité d'incorporer des informations supplémentaires concernant les individus, soit graphiquement pour un statut codé (malade ou non par exemple), soit textuellement directement pour une donnée.

Autres fonctionnalités

Sortie des arbres sous différents formats.

Interopérabilité

Cranefoot est compatible avec le format linkage de représentation des relations familiales par triplets enfant-père-mère.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Les thématiques de recherche de mon laboratoire sont la détermination de facteurs génétiques de l'obésité et diabète. Ces travaux reposant sur des études familiales, Cranefoot est utilisé pour représenter graphiquement les arbres des familles étudiées. Les données sont stockées dans une base mysql, Cranefoot a été encapsulé dans une interface web pour une utilisation mutualisée au sein de l'unité. dans le cadre des différentes études réalisées. Il est aussi utilisé pour la représentation des haplotypes.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Pas de difficultés d'utilisation. Il faut préparer un fichier de données (format linkage) et un fichier de paramètres pour faire tourner le programme.

Environnement du logiciel
Plates-formes

Windows, Linux, Unix, Webtool (http://www.artemis.kll.helsinki.fi/cranefoot/)

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes

Liste de logiciels de représentation de pedigrees : http://www.soph.uab.edu/ssg/linkage/pedigreedrawing

Environnement de développement
Environnement utilisateur
Documentation utilisateur

La documentation se trouve dans l'archive téléchargeable et à l'adresse : http://www.finndiane.fi/software/cranefoot/guide.pdf.
Deux fichiers sont nécessaires en entrée pour utiliser Cranefoot : un fichier de paramètre (clef [tabulation] valeur) au format texte (cf fichier d'exemple : http://www.artemis.kll.helsinki.fi/cranefoot/confi...) et un second fichier texte au format linkage contenant les données de relations familiales et informations supplémentaires (cf par exemple : http://www.artemis.kll.helsinki.fi/cranefoot/pedig... ).
Deux fichiers en sortie sont générés : un fichier au format PostScript de la représentation graphique de la (des) famille(s) et un fichier texte contenant les relations familiales entre les individus.
Le Webtool associé pour une utilisation online est disponible à l'adresse : http://www.artemis.kll.helsinki.fi/cranefoot/

Divers (astuces, actualités, sécurité)

Commentaires

Lisible mais non conventionel

Un bon logiciel qui permet de tracer un arbre généalogique très rapidement et simplement.

+Possibilité de personnaliser le tracé et d'ajouter de l'information.
+Sortie au format PostScript facilement convertible en format image ou autre.
+Coloration des individus en quartier pour représenter le génotype.

-La duplication d'individu se veux faciliter la lisibilité de l'arbre mais cela donne lieu à une représentation non conventionnelle qui peut être délicate à lire pour quelqu'un qui découvre cette représentation.
-Quelques conventions absentes comme la représentation de jumeaux ou de consanguinité.

J'utilise moi même ce logiciel pour tracer mes arbres généalogiques.
Ces arbres sont ensuite affichés dans le logiciel que je développe : TASE (voir la fiche PLUME correspondante)

Je ne l'ai pas utilisé

Je ne l'ai pas utilisé intensément, mais testé.
Un des points forts de cranefoot, à mon avis, est qu'il duplique automatiquement et clairement les individus pour rendre le pédigrée lisible, même pour les grandes familles.
On peut aussi ajouter qu'il s'appuie sur graphviz, et permet de personnaliser très largement le pédigrée tracé. Le test disponible sur la version online signalée ci-dessus est une bonne démonstration.
Par contre, pas d'interaction possible avec le pédigrée : il s'agit d'une image (sauf peut-être au format SVG ?).

Recherche utilisateur

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