Cytoscape

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 26/10/13
  • Correction mineure : 26/10/13
Mots-clés
Pour aller plus loin

Cytoscape : visualisation et analyse des réseaux d’intéraction

Description
Fonctionnalités générales

Cytoscape est un logiciel utilisé par les biologistes qui permet la visualisation et l'analyse des réseaux d’interaction et des données associées (interaction protéines-protéines, gènes coexprimés, annotations de Gene Ontology...).
Les représentations graphiques d'un même réseau sont multiples (formes des réseaux, couleurs, taille, informations, ...).
Le logiciel permet de naviguer simplement dans des grands réseaux et permet de faire des filtres.
Cytoscape peut se connecter directement aux banques de données publiques pour obtenir les informations qu'elles contiennent (Entrez Gene, BioMart, IntAct...).

Autres fonctionnalités

La version téléchargée contient des outils de visualisation et d'intégration des données, complétée par des plugins développés par les développeurs du logiciel Cytoscape et les utilisateurs eux-mêmes. On en dénombre plus d'une trentaine. Les plugins développés par la communauté permettent d'étendre les fonctionnalités de cytoscape. Un gestionnaire de plugins permet de les installer très simplement.

Interopérabilité

Permet de sauvegarder et d'importer les réseaux à différents formats :

  • Modélisation des réseaux d'interactions : BIOPAX, SBML
  • Graphe brut:GML (Graph Markup Language)
  • XGMML
  • Sorties graphiques :PDF, EPS, PNG, BMP ...
  • Permet d'importer des termes GO (Gene Ontology) directement de OBO
  • Permet d'importer des fichiers tabulés (utile pour intégrer dans un pipeline d'analyses)
  • Cytoscape possède un connecteur de web service. Il permet de se connecter directement à des banques de données publiques (IntAct, Entrez Gene...) pour importer annotations et réseaux. Des banques d'interactions comme pathway commons proposent leurs données directement visualisables dans Cytoscape par java web start.
  • CytoTalk est un plugin qui permet de connecter Cytoscape à R ou perl, en utilisant XML-RPC.
Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Ce logiciel est utilisé au sein de l'institut tant pour la représentation des interactions protéines-protéines, pour représenter des clusters de gènes coexprimés, pour visualiser certaines étapes lors d'assemblage de novo. Cytoscape est régulièrement utilisé, car il est puissant et est assez simple pour créer rapidement des réseaux.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes
  • Les méthodes d'analyses de graphes sont uniquement présentes dans des plugins et non dans le core.
  • Le menu contextuel des arcs et nœuds ne fonctionne pas bien lorsque le réseau est trop dense.
  • L'API est mal documentée.
  • La navigation peut être améliorée.
Environnement du logiciel
Plates-formes

Cytoscape est multiplateforme : il s'installe sur Windows, Linux/Unix et Mac OS X.

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes

Une étude comparative a été menée entre Cytoscape, Mapman et visANT, qui utilise la méthode QSOS.

Environnement de développement
Type de structure associée au développement

C'est un projet collaboratif : Institute for Systems Biology, University of California at San Diego, Memorial Sloan-Kettering Cancer Center, Institut Pasteur, Agilent Technologies, University of California at San Francisco.

Eléments de pérennité
Références d'utilisateurs institutionnels
  • Institut Pasteur de Paris
  • Plate-forme transcriptome de Nantes
  • Institut for Systems Biology
  • ...
Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums
Documentation utilisateur
Divers (astuces, actualités, sécurité)

Quelques tutoriels
Exemple de réseau d'interactions protéine-protéine

Exemple de représentation de réseau en cercle:

Contributions

Les contributions sont vivement encouragées : un lien pour les développeurs.

Commentaires

gephi ?

Est-ce que Gephi ne serait pas un logiciel à mentionner sur cette fiche également ?