FactoMineR

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 10/07/13
  • Correction mineure : 10/07/13
  • Rédacteur de la fiche : Julie Josse - un des concepteurs du logiciel - Laboratoire de mathématique appliquée (AGROCAMPUS OUEST)
  • Relecteur(s) : Vincent Miele (LBBE)
    Delphine Charif (LBBE)
  • Contributions importantes : François Husson
  • Responsable thématique : Christelle Dantec (CRBM)
Mots-clés
Pour aller plus loin

FactoMineR : package du logiciel R dédié à l'analyse de données

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Description
Fonctionnalités générales

FactoMineR est un package du logiciel libre R dédié à l'analyse de données.

Il permet de réaliser les méthodes classiques (ACP, AFC, ACM, classification) et avancées (AFM, AFM Hiérarchique, AFM Duale).

De nombreux indicateurs et sorties graphiques sont disponibles.

Toutes les analyses peuvent être effectuées à l'aide d'un menu déroulant convivial.

La gestion des données manquantes en ACP, ACM et AFM est possible grâce à l'utilisation conjointe du logiciel libre R missMDA.

Interopérabilité
  • Il peut prendre en entrée des extensions csv, txt, xls.
  • Échanges possible avec Excel, SPSS, SAS, langage SQL.
Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service
  • FactoMineR est utilisé aussi bien en recherche qu'en enseignement et développement.

  • Il est utilisé par de nombreux organismes de recherche, des étudiants de différentes filières en France comme à l'étranger (dans plus de 70 pays).

  • FactoMineR s'adresse à un public aussi bien de statisticiens que de chercheurs ou étudiants d'autres disciplines scientifiques.

Environnement du logiciel
Plates-formes

Toutes les plates-formes

Logiciels connexes
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes

Il existe un certain nombre de packages R dédiés aux analyses statistiques multivariées. Ces packages ont chacun leurs domaines d'application. Une brève revue est disponible à cette adresse: http://cran.r-project.org/web/views/Multivariate.html

Parmi ces packages, on peut citer deux packages de référence en écologie qui implémentent aussi les fonctions de bases en analyses multivariées (ACP, AFC, AD, ACM, ...) :

  • ade4 (http://pbil.univ-lyon1.fr/ADE-4/) qui propose des méthodes exploratoires et euclidiennes pour l'analyse des données en écologie (même point de vue géométrique que FactoMineR). Il dispose également d'une interface graphique ade4TkGUI. Une des spécificités d'ade4 est qu'il propose des méthodes pour les analyses k-tableaux ou encore des méthodes pour le couplage de tableaux (pcaiv, coinertie) toutes documentées dans des fiches techniques et thématiques.

  • vegan (http://cran.r-project.org/web/packages/vegan/index...), qui propose des méthodes d'analyses pour l'ecologie des communautés.

Dans ce contexte, la spécificité de FactoMineR est de proposer des méthodes d'analyses factorielles "avancées" non implémentées dans les autres packages. Par exemple : HCPC (combinant des méthodes de clustering), AFMH (analyse factorielle multiple hiérarchique) ou GPA (analyse procustéenne généralisée). Ce package propose aussi des sorties graphiques en 3D.

Environnement de développement
Type de structure associée au développement
Références d'utilisateurs institutionnels

Université de Rennes 2, Agrocampus, INRA, CNRS, IFREMER, CIRAD, L'OREAL, DANONE, SOREDAB, Unioversity of PRINCETON, Université de Barcelone, Universidad Nacional de la Patagonia, Agence de Conseil et de Recherche Océanographiques.....

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Groupe Google : factominer-users [at] googlegroups [dot] com

Documentation utilisateur
Contributions

Envoyer un mail à husson [at] agrocampus-ouest [dot] fr