GBrowse

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 20/01/12
  • Correction mineure : 20/01/12
Mots-clés

GBrowse : Generic Genome Browser : visualisateur d’informations à l’échelle génomique

  • Site web
  • Système : UNIX-like, MacOS X
  • Version évaluée : version 2.45
  • Langue(s) de l'interface : anglais
  • Licence : GPL
Description
Fonctionnalités générales

Gbrowse (ou GGB) pour « Generic Genome Browser » est une interface web graphique et interactive permettant de manipuler et visualiser des annotations sur un génome. Gbrowse est un CGI-perl distribué par le projet GMOD (« Generic Model Organism Database »).

Gbrowse permet de naviguer sur un génome complet ou une portion de génome, et d'y afficher différentes propriétés ou prédictions (gènes, transposons, ARNnc, similarités, etc...) sélectionnées parmi un panel élaboré par l'administrateur du logiciel.

L ‘administrateur ou le client peut personnaliser les différentes pistes visualisables en utilisant les glyphes mis à disposition dans la bibliothèque BioPerl. GBrowse est très documenté et malgré sa haute configurabilité reste facile d'emploi, à l'aide d'un unique fichier de configuration décrivant une à une toutes les pistes à afficher.

GBrowse donne la possibilité de mettre en place un système d'authentification par bases de données ou via un système LDAP. Cette fonctionnalité est très intéressante dans le cadre d'un projet collaboratif (ou privé). En effet l'administrateur peut spécifier l'accessibilité d'une piste à une certaine liste d'utilisateurs.

Autres fonctionnalités

GBrowse a été étendu pour permettre la visualisation de polymorphisme (HapMap) ou de génomique comparée (GBrowse_Syn: http://gmod.org/wiki/GBrowse_syn, SynView: http://eupathdb.org/apps/SynView/ ).

Interopérabilité

Les données visualisables par le GBrowse sont, le plus souvent, sous la forme GFF (« Generic File Format ») et peuvent être stockées en fichiers à plat ou dans des bases de données. Des adaptateurs pour les bases de données suivantes ont été développés :

  • Bio ::DB ::GFF
  • Bio ::DB ::SeqFeature ::Store
  • Chado database
  • BioSQL database

Le GBrowse permet la visualisation d'alignement de données de séquençage haut débit (NGS) grâce au module Bio::DB::Sam. Ce module extrait les informations d'un fichier binaire BAM généré par la suite logiciel samtools.

Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré

GBrowse fait partie des logiciels distribués par le projet GMOD (http://www.projet-plume.org/fr/ressource/gmod )

Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Le développement de GBrowse se fait parallèlement à l'évolution de la bibliothèque BioPerl (http://www.projet-plume.org/fr/fiche/bioperl )

Références d'utilisateurs institutionnels

GBrowse est un logiciel très abouti et robuste. Il est utilisé par nombre de bases de données en relation avec des données génomiques (Flybase, SGD, WormBase, DictyBase, ...) et en France par de nombreux équipes et plate-formes de bioinformatiques (Genoscope, URGI, ParameciumDB, AphidBase, ...)

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Plusieurs mailing-lists existent à partir du site GMOD: http://gmod.org

Documentation utilisateur

Plusieurs documentations sont disponibles sur le site :
http://gmod.org/wiki/Gbrowse