ImageJ est un logiciel libre multiplateforme d’analyse et de traitement d’images, inspiré à l’origine du logiciel NIH Image pour Macintosh.

Un certain nombre de traitements d'images basiques sont disponibles par défaut : seuillage, filtrage, morphologie mathématique, comptage d'objets... Beaucoup d'autres fonctionnalités sont disponibles sur le web sous forme de plugins ou de macros.

ImageJ est un logiciel évolutif pour lequel il est possible d’ajouter des fonctionnalités sous la forme de plugins Java, de javascripts ou de macros (instructions propres à ImageJ). De nombreux plugins sont disponibles sur différents sites. Outre le site principal qui regroupe de nombreux plugins, un site wiki communautaire est disponible sur le site de TUDOR. La distribution Fiji vise à faciliter l'installation de ces plugins et à ajouter des fonctionnalités de scriptings dans d'autres langages (closure, python, ruby, ...). Des modules de visualisation 3D sont présents comme VolumeViewer ou 3D Viewer qui utilise Java3D pour un rendu interactif. Pour la partie filtrage et analyse 3D, une suite 3D a été développée.

Le logiciel lit et exporte les images dans les formats les plus courants (TIFF, BMP, JPG, GIF, PNG, PGM, FITS et ASCII...). L'ouverture des fichiers aux formats propriétaires de microscopie (Leica, Zeiss, ...) ainsi que DICOM sont disponibles avec le plugin LOCI-bioformats, ce plugin lit les données images ainsi que les métadonnées (longueur d'ondes, objectifs, ...) associées aux images.

ImageJ est devenu de fait la référence en traitement et analyse d'images en biologie. Il fait l'objet de nombreuses formations, une conférence internationale lui est consacrée tous les deux ans. Nous l'utilisons quotidiennement pour l'analyse automatique 3D en utilisant et développant nos propres plugins et macros. ImageJ n'ayant pas été développé à la base pour une utilisation multidimensionnelle (3D, 4D et 5D), les bibliothèques de classes ne sont pas très faciles à utiliser dans ce cas ; les programmeurs chevronnés apprécieront la nouvelle mouture ImageJ2, toujours en version beta.

Les limitations sont surtout dues au langage de programmation dans lequel ImageJ a été écrit : Java.
Il est donc un peu lent (surtout pour de gros traitements) et parfois gourmand en mémoire. De plus, certains systèmes limitent la taille maximum de mémoire allouée pour la machine virtuelle Java.

La possibilité d'écrire soi-même ses propres plugins est un plus mais demande une connaissance du langage Java.