NDPITools

Fiche logiciel à valider
  • Création ou MAJ importante : 11/10/13
  • Correction mineure : 11/10/13
  • Rédacteur de la fiche : Alexandre Granier - Plate-forme MRI (CNRS)
  • Responsable thématique : Dirk Hoffmann (Centre de Physique des Particules de Marseille (CPPM-IN2P3))
Mots-clés
Pour aller plus loin
  • Fiches logiciel PLUME connexes : ImageJ
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NDPITools : conversion de fichiers NDPI (Nanozoomer Digital Pathology Image) au format TIFF ou JPEG

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Description
Fonctionnalités générales

NDPITools est un logiciel permettant de convertir des fichiers NDPI (Nanozoomer Digital Pathology Image) au format TIFF ou JPEG et ce, en consommant peu de mémoire vive. NDPITools se situe dans la tradition des logiciels UNIX qui ne font qu'une chose mais de façon efficiente.

Le format NDPI est un format propriétaire d'Hamamatsu qui stocke des images issues de scanners de lame à différentes résolutions, pour différents niveaux de profondeurs et éventuellement sur plusieurs canaux d'acquisition. Les fichiers obtenus sont très souvent extrêmement volumineux (plusieurs Go), contiennent des images de très haute résolution (par exemple 180000 x 70000 pixels) et difficile à manipuler, voire impossible à ouvrir avec des outils standards comme ImageJ ou GIMP. NDPITools permet d'extraire de façon très rapide des tuiles contenues dans les fichiers NDPI, en précisant un niveau de zoom, un z-index, les coordonnées et la taille de la région à extraire.

NDPITools propose un greffon pour ImageJ afin de rendre possible la manipulation de ses images dans ce logiciel.

Autres fonctionnalités

NDPITools permet également de spécifier la quantité de mémoire maximale à utiliser pour l'extraction et donc de transformer la consommation de mémoire en temps processeur.

NDPITools prend place dans une suite logicielle autour du format NDPI d'une part et de la gestion de gros fichiers TIFF d'autre part. L'idée générale étant qu'un fichier NDPI peut se traiter in fine comme un gros fichier TIFF.

On peut noter entre autres :

  • ndpi2tiff qui permet de convertir le fichier NDPI en un fichier TIFF contenant toutes les images.

  • tiffmakemosaic qui permet de créer une mosaïque au format TIFF ou JPEG à partir d'un fichier TIFF. Il permet également de spécifier la quantité de mémoire maximum à utiliser pour cette opération.

  • tiffastcrop qui permet d'extraire une région rectangulaire d'un fichier TIFF sans charger toute l'image en mémoire.

Interopérabilité

Formats NDPI (propriétaire), TIFF et JPEG.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

NDPITools intervient dans le cadre d'une application web de base de données d'images. Il permet un visionnage des images NDPI via le web et dans de très bonnes conditions. L'application web affiche les images à l'aide d'un tuilage de petites images à la manière des logiciels en ligne de cartographie. NDPITools agit en arrière plan et permet de créer les tuiles à la demande en utilisant l'option "e". La vitesse d'extraction des tuiles est suffisamment élevée pour reconstruire une image dans un contexte web.

Cette possibilité offerte par NDPITools est très appréciée par les utilisateurs de la base de données d'images et constitue pour une plate-forme d'imagerie une économie substantielle en termes de stockage, puisque les tuiles n'ont pas besoin d'être préparées à l'avance et gardées dans la base de données.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Ce logiciel se limite à la manipulation des formats NDPI, très spécifiques. Néanmoins, l'auteur propose également un équivalent pour manipuler les fichiers TIFF.

Environnement du logiciel
Plates-formes

Unix-like, Windows, Mac OS X 10.6+

Logiciels connexes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Laboratoire d'Imagerie et Modélisation en Neurobiologie et Cancérologie (UMR 8165)

Références d'utilisateurs institutionnels

Parmis les utilisateurs de NDPITools, on peut mentionner :

  • Laboratoire IMNC
  • Université de Californie
  • Montpellier RIO Imaging
Environnement utilisateur
Documentation utilisateur

Des consignes d'installation et d'utilisation sont disponibles sur le site NDPITools.

Divers (astuces, actualités, sécurité)

Exemples d'utilisation :
ndpisplit -m500J60 xx.ndpi
extrait une mosaïque de fichiers TIFF (un pour chaque niveau de grossissement et un pour chaque niveau de Z) de sorte que la quantité de mémoire pour ouvrir ces TIFF n'excède pas 500 Mo.

ndpisplit -g500x500 xx.ndpi
extrait une mosaïque dont chaque fichier TIFF aura une taille de 500 pixels × 500 pixels.

ndpisplit -e xx.ndpi
permet de spécifier quelle partie l'on souhaite extraire du fichier NDPI en précisant le coin supérieur gauche, la largeur, la hauteur ainsi que le niveau de Z et le grossissement.

Commentaires

Reprise de la fiche

Alexandre Granier quittant son poste actuel, où il a travaillé sur le logiciel NDPItools, Philippe Estival est candidat à la reprise de la fiche à une prochaine occasion. Il s'agira pour lui de continuer les tests de ce logiciel, et de trouver avec l'aide du RT d'autres utilisateurs prêts à relire la fiche.