OpenBabel

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 27/10/09
  • Correction mineure : 01/06/11
Mots-clés

OpenBabel : boite à outils pour logiciels de chimie

Description
Fonctionnalités générales

OpenBabel est un logiciel qui permet de faire communiquer entre eux de nombreux logiciels de chimie théorique, libres ou non, payants ou non, au total plus de 90 formats différents. Il a commencé par être une ré-implémentation libre du traducteur de fichiers chimique Babel. Plus qu’un simple "wrapper", il intègre aujourd’hui une multitude de fonctionnalités de reconnaissance des systèmes chimiques qui en font le couteau suisse de tous les chimistes computationnels, ainsi que des biologistes structuralistes.

Autres fonctionnalités

Reconnaissance de la chiralité, optimisation de géométrie par champ de force, ...

Il existe des interfaces pour de nombreux langages de programmation comme Perl et Python mais aussi Ruby, Java, ....

Interopérabilité

OpenBabel est initialement un outil d'interopérabilité, il supporte donc un grand nombre de formats d'entrée et de sortie (plus de 90 formats, cf. la liste des formats supportés dans la partie commentaire à la fin de cette fiche).

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

J'utilise essentiellement OpenBabel pour convertir les formats de fichiers entre les différents moteurs de modélisations (MOPAC, Gaussian, ...) et les formats reconnus par les logiciels de visualisation de molécules graphiques (PyMol, Jmol, Chimera, Coot, etc).

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Utilisation plutôt en ligne de commande (Shell UNIX) même si des interfaces graphiques existent en particulier sous Windows et MacOS.

Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré

Linux : Debian, Fedora, Ubuntu, RedHat, ...

Plates-formes

Toutes les plateformes (irix, i386, ia64, x86_64, etc...)

Logiciels connexes

30 logiciels connexes parmi lesquels OSRA, Ghemical, Fox, chemtool, gabedit, GaussSum, cclib, etc...

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Projet d'universitaires majoritairement

Eléments de pérennité

Vivacité du développement (très actif depuis 10 ans)

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Liste de discussion dédiée : openbabel-discuss [at] lists [dot] sourceforge [dot] net
Computational Chemistry List : http://www.ccl.net/chemistry/

Documentation utilisateur

http://openbabel.org/wiki/Guides
dans les distributions ou il est intégré : man babel

Contributions

Commentaires

infos complémentaires

Bonjour,
Effectivement la mission principale d'openbabel concerne les opérations de conversion. Il ne fait pas que ça. Entre autre, il est possible de générer une molécule en 3D sous format mol2 à partir d'une molécule mol en 2D, un peu à la manière de corina ( - en moins bien -) :

babel --gen3D -imol monfichier.mol -omol2 monfichier.moL2

De plus, si vous gérez une base de données, il est possible d'utiliser MyChem (mychem.sourceforge.net) qui utilise les fonctionnalités d'openbabel pour tout gérer en base de données MySQL. OpenBabel permet en outre de faire des recherches par sous-structure avec obgrep ou avec des fingerprint et un score tanimoto (entre 0 et 1; Plus le résultat est proche de 1, plus l'empreinte correspond).

babel 'ListingMol.sdf' -ofpt -s 'SMILESsous-structure'

J'oublie certainement d'autres fonctions...

Cordialement.

La liste des formats pris en compte par OpenBabel ...

acr -- ACR format [Read-only]
adf -- ADF cartesian input format [Write-only]
adfout -- ADF output format [Read-only]
alc -- Alchemy format
arc -- Accelrys/MSI Biosym/Insight II CAR format [Read-only]
bgf -- MSI BGF format
box -- Dock 3.5 Box format
bs -- Ball and Stick format
c3d1 -- Chem3D Cartesian 1 format
c3d2 -- Chem3D Cartesian 2 format
cac -- CAChe MolStruct format [Write-only]
caccrt -- Cacao Cartesian format
cache -- CAChe MolStruct format [Write-only]
cacint -- Cacao Internal format [Write-only]
can -- Canonical SMILES format.
car -- Accelrys/MSI Biosym/Insight II CAR format [Read-only]
ccc -- CCC format [Read-only]
cdx -- ChemDraw binary format [Read-only]
cdxml -- ChemDraw CDXML format
cht -- Chemtool format [Write-only]
cif -- Crystallographic Information File
ck -- ChemKin format
cml -- Chemical Markup Language
cmlr -- CML Reaction format
com -- Gaussian 98/03 Input [Write-only]
copy -- Copies raw text [Write-only]
crk2d -- Chemical Resource Kit diagram(2D)
crk3d -- Chemical Resource Kit 3D format
csr -- Accelrys/MSI Quanta CSR format [Write-only]
cssr -- CSD CSSR format [Write-only]
ct -- ChemDraw Connection Table format
cub -- Gaussian cube format
cube -- Gaussian cube format
dmol -- DMol3 coordinates format
dx -- OpenDX cube format for APBS
ent -- Protein Data Bank format
fa -- FASTA format [Write-only]
fasta -- FASTA format [Write-only]
fch -- Gaussian formatted checkpoint file format [Read-only]
fchk -- Gaussian formatted checkpoint file format [Read-only]
fck -- Gaussian formatted checkpoint file format [Read-only]
feat -- Feature format
fh -- Fenske-Hall Z-Matrix format [Write-only]
fix -- SMILES FIX format [Write-only]
fpt -- Fingerprint format [Write-only]
fract -- Free Form Fractional format
fs -- FastSearching
fsa -- FASTA format [Write-only]
g03 -- Gaussian98/03 Output [Read-only]
g92 -- Gaussian98/03 Output [Read-only]
g94 -- Gaussian98/03 Output [Read-only]
g98 -- Gaussian98/03 Output [Read-only]
gal -- Gaussian98/03 Output [Read-only]
gam -- GAMESS Output [Read-only]
gamin -- GAMESS Input
gamout -- GAMESS Output [Read-only]
gau -- Gaussian 98/03 Input [Write-only]
gjc -- Gaussian 98/03 Input [Write-only]
gjf -- Gaussian 98/03 Input [Write-only]
gpr -- Ghemical format
gr96 -- GROMOS96 format [Write-only]
gukin -- GAMESS-UK Input
gukout -- GAMESS-UK Output
gzmat -- Gaussian Z-Matrix Input
hin -- HyperChem HIN format
inchi -- InChI format
inp -- GAMESS Input
ins -- ShelX format [Read-only]
jin -- Jaguar input format [Write-only]
jout -- Jaguar output format [Read-only]
k -- Compare molecules using InChI [Write-only]
mcdl -- MCDL format
mcif -- Macromolecular Crystallographic Information
mdl -- MDL MOL format
ml2 -- Sybyl Mol2 format
mmcif -- Macromolecular Crystallographic Information
mmd -- MacroModel format
mmod -- MacroModel format
mol -- MDL MOL format
mol2 -- Sybyl Mol2 format
molden -- Molden input format [Read-only]
molreport -- Open Babel molecule report [Write-only]
moo -- MOPAC Output format [Read-only]
mop -- MOPAC Cartesian format
mopcrt -- MOPAC Cartesian format
mopin -- MOPAC Internal
mopout -- MOPAC Output format [Read-only]
mpc -- MOPAC Cartesian format
mpd -- Sybyl descriptor format [Write-only]
mpqc -- MPQC output format [Read-only]
mpqcin -- MPQC simplified input format [Write-only]
msi -- Accelrys/MSI Cerius II MSI format [Read-only]
msms -- M.F. Sanner's MSMS input format [Write-only]
nw -- NWChem input format [Write-only]
nwo -- NWChem output format [Read-only]
outmol -- DMol3 coordinates format
pc -- PubChem format [Read-only]
pcm -- PCModel Format
pdb -- Protein Data Bank format
png -- PNG files with embedded data
pov -- POV-Ray input format [Write-only]
pqr -- PQR format
pqs -- Parallel Quantum Solutions format
prep -- Amber Prep format [Read-only]
qcin -- Q-Chem input format [Write-only]
qcout -- Q-Chem output format [Read-only]
report -- Open Babel report format [Write-only]
res -- ShelX format [Read-only]
rsmi -- Reaction SMILES format
rxn -- MDL RXN format
sd -- MDL MOL format
sdf -- MDL MOL format
smi -- SMILES format
smiles -- SMILES format
sy2 -- Sybyl Mol2 format
t41 -- ADF TAPE41 format [Read-only]
tdd -- Thermo format
test -- Test format [Write-only]
therm -- Thermo format
tmol -- TurboMole Coordinate format
txt -- Title format
txyz -- Tinker MM2 format [Write-only]
unixyz -- UniChem XYZ format
vmol -- ViewMol format
xed -- XED format [Write-only]
xml -- General XML format [Read-only]
xtc -- XTC format [Read-only]
xyz -- XYZ cartesian coordinates format
yob -- YASARA.org YOB format
zin -- ZINDO input format [Write-only]