Protégé

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 18/12/09
  • Correction mineure : 14/05/13

Protégé : éditeur d'ontologies, framework de base de connaissances, cartographie de système d'information

Description
Fonctionnalités générales

La plateforme Protégé, est un éditeur d'ontologies, et un framework de base de connaissances très convivial, basé sur Java.

Une ontologie, en informatique, est un ensemble structuré de savoirs dans un domaine de connaissance particulier.

Protégé offre 3 approches pour développer une ontologie :

  • l'éditeur Protégé-OWL permet de construire des ontologies pour le web sémantique (Protégé 3.4.2 et Protégé 4.0.2),
  • l'éditeur Protégé-Frames permet de construire et peupler des bases de connaissances basées sur des frames (Protégé 3.4.2),
  • l'équipe de développement de Protégé, travaille également sur l'édition d'ontologies à travers une interface web (WebProtégé 0.5 alpha).

Protégé permet d'utiliser le langage OWL, qui est le langage informatique utilisé pour modéliser des ontologies. OWL est un dialecte XML qui étend RDFS.

Protégé permet un fonctionnement en mode client/serveur avec une gestion des droits ajustables en fonction des profils souhaités.

Protégé intègre des outils de travail collaboratif comme le chat ou les annotations.

Autres fonctionnalités

Les fonctionnalités de Protégé peuvent être étendues grace à une architecture en plugin et à l'aide de l'API Java fournie. Ce qui permet, en outre, de générer automatiquement du code Java.

Protégé intègre une multitude de plugins permettant des manipulations sur les bases de connaissances crées :

  • ontoviz : pour générer un graphe au format DOT,
  • queries : pour effectuer des requêtes,
  • forms : pour mettre en forme les frames simplement,
  • ...
Interopérabilité

Depuis Protégé on peut exporter les données sous de nombreux formats :

  • CLIPS
  • HTML
  • N-TRIPLES
  • N3
  • OWL
  • RDF Schéma
  • TURTLE
  • XML
Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Protégé est surtout utilisé dans le domaine de la recherche médicale, biologique ou informatique, notamment pour le cas de modélisations conceptuelles de connaissances biomédicales. Néanmoins tout domaine de connaissance peut-être modélisé à l'aide de Protégé.

Dans notre cas, Protégé-Frames 3.4.1 a servi de framework pour développer une Description Structurée des Dépendances et des Services au CRU (ontologie d'un Système d'Information), afin notamment d'obtenir une cartographie du SI.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

La dernière version Protégé-4.0.2 n'implémente pas les fonctionnalités de Protégé-Frames 3.4.2, car la demande ne semble pas assez forte. Néanmoins la plateforme 3.x est stable et l'équipe de développement va continuer à la maintenir dans le temps.

Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré

Ce logiciel n'est intégré dans aucune distribution GNU/Linux.

Le logiciel fonctionnant avec Java : une Java VM doit être installée. Toutefois, l'éditeur fournit également une archive contenant une Java VM compatible.

L'installation est automatique une fois l'archive récupérée sur le site de l'éditeur :

  • sh ./install_protege_3_4_1.bin sur les Unix-Like
  • Doucle-clic sous Windows et Mac-OS X
Plates-formes

Linux (32 et 64 bits), AIX, Solaris, HP-UX, Mac-OS X, Windows (32 et 64 bits) ainsi que toutes les plateformes supportant Java.

Logiciels connexes

Graphviz pour l'utilisation du plugin ontoviz (permettant la génération de graphe au format DOT).

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
  • SWOOP : gratuit, non libre (code source non diffusé)
  • KMgen : gratuit, non libre (code source non diffusé)
  • swoop : commercial, non libre (code source non diffusé)
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Center for Biomedical Informatics Research de la faculté de médecine de Stanford.

Eléments de pérennité

Protégé est développé depuis 1995.

  • Protégé 4.0.2, sortie le 3 décembre 2009
  • Protégé 3.4.2, sortie le 16 décembre 2009
  • WebProtégé 0.5 alpha, sortie le 14 août 2009
Références d'utilisateurs institutionnels
  • 126870 utilisateurs enregistrés
  • 17135 abonnés à la liste protégé-users
Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

En dehors des listes de diffusion, wikis et autres tutoriels disponibles sur le site de l'éditeur, l'équipe de Protégé propose un support payant, pour du développement spécifique de plugin, du design de grosses bases de connaissances...

Documentation utilisateur
Divers (astuces, actualités, sécurité)

Pour utiliser l'ontologie du CRU afin de cartographier un Système d'Information : http://www.cru.fr/activites/ontologie/index

Contributions