QTLMap

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 21/11/11
  • Correction mineure : 23/08/13
Mots-clés

QTLMap : détection de QTL en population consanguine (agronomie)

Une fiche Dév Ens Sup est en relation avec cette fiche, consultez-la pour plus d'informations :
Description
Fonctionnalités générales
  • Détection de QTL (Quantitative Trait Loci - locus de caractères quantitatifs) en familles de demi-frères ou mélange de demi-frères/plein frères
  • Supporte des données à distribution gaussienne, discrètes ou données de survie (modèle de Cox)
  • Supporte les analyses eQTL
Autres fonctionnalités
  • Prise en compte de 1 ou 2 QTL liés dans la population
  • Analyses unicaractères ou multi-caractères (techniques multivariées par analyses discriminantes)
  • Les effets d'environnement (fixes et covariables) et leurs interactions avec le QTL peuvent également être inclus dans l'analyse
  • Prise en compte de variances familiales hétérogènes
  • Probabilités de transmission des allèles grands-parentaux et détermination d'haplotypes adaptés aux SNP
  • Détermination empirique des seuils par permutations des phénotypes ou simulation sous l'hypothèse nulle
  • Détermination de la puissance et de la précision de design QTL
  • Prise en compte du déséquilibre de liaison entre familles et de liaison dans les familles (LDLA analyses)
Interopérabilité

QTLmap est développé en fortran 95 et utilise OpenMP API (programmation parallèle).

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Utilisation en routine pour des analyses QTL
Avantages majeurs :

  • Facile d'utilisation
  • Calculs rapides
  • Support technique rapide et efficace
  • Possibilité de travailler en interface web ou en ligne de commande sous environnement Unix-like
Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Estimation des intervalles de confiance toujours en développement

Environnement du logiciel
Environnement de développement
Références d'utilisateurs institutionnels

UR631 Station d'Amélioration Génétique des Animaux
UMR1313 Génétique Animale et Biologie Intégrative
UMR598 INRA-AgroCampus Rennes – Génétique Animale

Plateforme bioinformatique Genotoul (http://bioinfo.genopole-toulouse.prd.fr/)
Plateforme bioinformatique Genouest (http://www.genouest.org/)
Centre de Traitement de l'Information Génétique

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

qtlmap-users [at] listes [dot] inra [dot] fr

Documentation utilisateur