Serial Cloner

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 11/09/12
  • Correction mineure : 24/11/13
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Serial Cloner : outil d'analyse et de visualisation de séquences d'ADN

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Description
Fonctionnalités générales

Serial Cloner est un logiciel d'analyse et de visualisation de séquences d'ADN.

Il permet d’une part d’annoter des séquences et de les analyser :

  • analyse : la fenêtre de séquence permet de rechercher des séquences de nucléotides, ou d'acides aminés, des ORF ou des sites de restriction. Il est aussi possible d'analyser la composition en nucléotides ou le Tm d'un fragment ;
  • alignements : localement ou par la fenêtre d'accès internet sur le site BLAST2seq NCBI server ;
  • annotations : l’ajout peut se faire manuellement ou bien automatiquement en utilisant une base de données de séquences enregistrées ou à partir de Genebank. La base de données peut être modifiée ou complétée par l’utilisateur. Les annotations sont visibles dans la fenêtre de visualisation de la séquence ADN mais aussi sur la carte graphique ;
  • traduction : elle peut se faire directement dans la fenêtre de visualisation (permettant par exemple de sélectionner un fragment d’ADN à traduire et de calculer la masse moléculaire de la protéine correspondante ou bien au contraire de sélectionner le fragment d'ADN correspondant à une partie de la protéine seulement). Elle est aussi visible dans la carte de séquence où il est possible d’afficher les 3 phases de traduction, les codons mais aussi les sites de restriction ;
  • visualisation graphique : elle permet une manipulation très intuitive de la séquence. Les fragments peuvent être sélectionnés, extraits ou digérés en vue d’une ligation par exemple

D’autre part, Serial Cloner permet de réaliser virtuellement des sous clonages par enzymes de restriction ou par recombinaison (préparation d’adaptateurs, d’oligonucléotides, PCR puis digestion et ligation ou bien recombinaison) ou de préparer la synthèse de shRNA.
Pour les adaptateurs et les shRNA, il est par exemple possible d'afficher directement les oligonucléotides à commander pour obtenir la construction désirée.

L’interface graphique de Serial Cloner combinée avec l'aide sous forme de bulles permet une prise en main rapide et intuitive.

Interopérabilité

Formats lus par Serial Cloner :

  • Vector NTI
  • MacVector
  • ApE
  • DNAstar
  • pDRAW32
  • GenBank

Formats enregistrés par Serial Cloner :

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Serial Cloner est utilisé quotidiennement dans notre laboratoire pour l’analyse de séquences et la préparation de sous clonages. La compatibilité des fichiers avec d’autres logiciels courants du même type permet également d’échanger des données de façon transparente avec d’autres utilisateurs.

Utilisable sur plusieurs plate-formes et gratuit, il peut facilement être installé sur tous les postes de travail. La prise en main est simple et intuitive grâce à l’interface graphique et à l’aide sous forme de bulles.

Environnement du logiciel
Plates-formes

Programme fonctionnant sous :

  • Mac
  • Windows
  • Linux

La version sous linux n'est validée que sous ubuntu, et il y a moins de fonctionnalités sous linux que sous Mac et windows.

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Développement assuré par une seule personne.

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Un forum est disponible pour toutes questions ou suggestions et les réponses aux problèmes sont généralement apportées très rapidement.
http://serialbasics.free.fr/forum/

Documentation utilisateur

Il n'existe pas de documentation mais une fenêtre d'aide peut être affichée au cours de l'utilisation. Elle donne tous les détails des fonctions et les astuces permettant une utilisation optimale.