Vector NTI

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 22/10/08
  • Correction mineure : 15/12/08
Fiche archivée
Cette fiche a été archivée, car la politique de prix d'invitrogen a totalement changé: VectorNTI est maintenant payant (la licence coûte de l'ordre de 1000€) même pour les utilisateurs académiques! Contrairement à ce que nous avions pensé, VectorNTI n'est donc ni E (Economique) et absolument pas M (maîtrisable). Nous espérons être prochainement en mesure de présenter des fiches de logiciels réellement maîtrisables et qui apportent les mêmes fonctionnalités que vectorNTI.
Mots-clés

Vector NTI : gestion et analyses de molécules biologiques (ADN ou protéines)

Cette fiche n'est plus à jour. Elle a été archivée pour la raison exposée ci-contre.
  • Site web
  • Système : Windows, MacOS X
  • Téléchargement
  • Version évaluée : 10.3.0 (2006)
  • Langue(s) de l'interface : anglais
  • Licence : Licence propriétaire

    Logiciel gratuit pour les établissements de recherche publics et académiques : demande annuelle de licence auprès d’invitrogen : aller sur http://www.invitrogen.com, s'inscrire sur le site et demander une licence annuelle gratuite. Alors il sera possible de télécharger le logiciel

Description
Fonctionnalités générales

Logiciel fonctionnant sous Windows et Macintosh (pas Linux) qui permet d’avoir un environnement très complet d’analyse et de gestion d’information de molécules biologiques de type ADN ou protéines. Il permet de :

  • gérer des bases d’oligonucléotides, de générer des cartes de restrictions,
  • effectuer des alignements multiples d’ADN ou de protéines,
  • gérer des projets de séquençage à partir des traces de sortie de séquenceur.

Il propose aussi un environnement graphique pour gérer les annotations automatiques et manuelles sur des molécules d’ADN et de protéines.

Autres fonctionnalités
  • Gestion de bases de données de séquences ADN (plasmides, Oligos), protéines, enzymes de restrictions, résultats de Blast.
    Les bases de données sont accessibles par différents utilisateurs ce qui permet de partager les informations.
  • Analyse ADN: design oligos, cartes de restriction, recherche de motifs, alignements (clustal), contig d'électrophorégrammes, clonage in silico (par recombinaison gateway, par enzymes de restriction).
  • Analyse de protéines: recherche de motifs (Pfam, prosite...), alignements (clustal).
  • Présentation: visualisation graphique d'annotations, avec possibilité d'exporter des images en vue de présentations.
  • Autres: modules vers Blast et Entrez du NCBI.
Interopérabilité

Aucune : le format des fichiers est propriétaire, la base de donnée ne fonctionne qu'avec Vector NTI.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Dans notre unité, les personnes faisant de la biologie moléculaire ont toutes (ou presque) Vector NTI sur leur poste, c'est un très bon outil pour de la "bioinformatique de biologiste", idéal pour gérer des clonages, des bases d'oligos et faire quelques alignements. L'outil de contigage est très utile, il permet de visualiser les électrophorégrammes en alignement avec d'autres séquences.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Outil assez complet donc peut être un peu difficile au début.

Environnement du logiciel
Plates-formes

Windows XP pro, Vector NTI 10.3.0 (2006)

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes

GCG seqweb (payant)
DNA Star (http://www.dnastar.com/, payant)
sequencher (http://www.genecodes.com/, payant)
CLC Workbench (http://www.clcbio.com/index.php?id=27, payant, aussi sur UNIX-like)

Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Editeur professionnel, logiciel récemment distribué gratuitement par invitrogen ( http://www.invitrogen.com/ ).

Eléments de pérennité

J'imagine qu'il serait difficile de retourner vers un mode payant, mais il est possible qu'invitrogen arrête le développement de cet outil. Je précise qu'il existe des modules payants (un LIMS par exemple).

Références d'utilisateurs institutionnels

Ce logiciel est maintenant très répandu dans nos institutions (recherche et enseignement).

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Le support pour ce logiciel auprès d'invitrogen est payant, j'ai créé il y a déjà quelques années un Google group (VectorNTI [at] googlegroups [dot] com) qui n'est pas très actif mais sur lequel j'ai trouvé les réponses a mes questions. J'encourage les nouveaux venus à s'y inscrire pour faire grandir la communauté du "support gratuit".

Documentation utilisateur

Il y a une série de tutoriels en ligne (mais il faut être enregistré sur le site d'invitrogen pour y accéder...).