Analyses simples et rapides des données de cytométrie dans un environnement graphique commun.
L'utilisateur crée des fenêtres d'analyse dans lesquelles les données seront insérées.
Les fonctionnalités sont classiques pour l'analyse des marquages en fluorescence :
- moyennes géométrique et arithmétique de l'intensité de fluorescence
- statistiques par région/quadrant
- statistiques par marqueur sous forme d'histogramme

• dotplot (nuage de points) en 2 couleurs et 3 dimensions
• histogrammes, courbe de densité et contour
• fonction de lissage, paramètres de probabilité pour la représentation des densités
• le paramètre temps est pris en charge
• zoom sur champs définis par l'utilisateur
• définition des régions et statistiques complètes avec opérations sur les gates (les gates étant des ensembles de régions connectées par des opérateurs logiques. Des portes logiques, donc).
• modification des polices de caractères, couleur de fond des graphiques, couleurs des points...
• analyses par lots (batch)

WinMDI ne reconnaît que le format standard FCS2.0, il est nécessaire d'exporter les données acquises sur les cytomètres récents (LSR, Array, Gallios...) au bon format par l'intermédiaire du logiciel d'acquisition (Diva...).

Analyses courantes de marquages multi-couleurs, analyses en batch pour le criblage à 1 ou 2 couleurs.
Le logiciel est utilisé pour les analyses courantes de cytométrie, il permet de travailler sur des fichiers FACS à domicile
Plus souple et rapide que CellQuest, on définit une seule fois les fenêtres d'analyse et on fait défiler les données avec Alt+Page Suivante/Précédente.

Le tutoriel pointé ci-après permet de se familiariser rapidement avec le logiciel.
Bien qu'il diffère quelque peu de CellQuest ou FlowJo dans son utilisation, sa prise en main est rapide.