WinMDI

Fiche logiciel validé
  • Création ou MAJ importante : 04/10/11
  • Correction mineure : 04/10/11
Mots-clés

WinMDI : analyse des données de cytométrie (biologie)

  • Site web
  • Système : Windows
  • Téléchargement
  • Version évaluée : 2.9
  • Langue(s) de l'interface : anglais
  • Licence : Autre

    winMDI est un programme gratuit, mais les sources ne sont pas disponibles.

Description
Fonctionnalités générales

Analyses simples et rapides des données de cytométrie dans un environnement graphique commun.
L'utilisateur crée des fenêtres d'analyse dans lesquelles les données seront insérées.
Les fonctionnalités sont classiques pour l'analyse des marquages en fluorescence :
- moyennes géométrique et arithmétique de l'intensité de fluorescence
- statistiques par région/quadrant
- statistiques par marqueur sous forme d'histogramme

Autres fonctionnalités
  • dotplot (nuage de points) en 2 couleurs et 3 dimensions
  • histogrammes, courbe de densité et contour
  • fonction de lissage, paramètres de probabilité pour la représentation des densités
  • le paramètre temps est pris en charge
  • zoom sur champs définis par l'utilisateur
  • définition des régions et statistiques complètes avec opérations sur les gates (les gates étant des ensembles de régions connectées par des opérateurs logiques. Des portes logiques, donc).
  • modification des polices de caractères, couleur de fond des graphiques, couleurs des points...
  • analyses par lots (batch)
Interopérabilité

WinMDI ne reconnaît que le format standard FCS2.0, il est nécessaire d'exporter les données acquises sur les cytomètres récents (LSR, Array, Gallios...) au bon format par l'intermédiaire du logiciel d'acquisition (Diva...).

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Analyses courantes de marquages multi-couleurs, analyses en batch pour le criblage à 1 ou 2 couleurs.
Le logiciel est utilisé pour les analyses courantes de cytométrie, il permet de travailler sur des fichiers FACS à domicile
Plus souple et rapide que CellQuest, on définit une seule fois les fenêtres d'analyse et on fait défiler les données avec Alt+Page Suivante/Précédente.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Le tutoriel pointé ci-après permet de se familiariser rapidement avec le logiciel.
Bien qu'il diffère quelque peu de CellQuest ou FlowJo dans son utilisation, sa prise en main est rapide.

Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré

La version 2.9 est complètement opérationnelle

Plates-formes

Windows 95, 98, NT4, XP (incl. SP2), Vista (incl. SP2)
Attention: ne fonctionne pas sous Windows 7 64 bits (à tester sous version 32 bits...)

Logiciels connexes

Microsoft Office, Adobe Photoshop.

Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Logiciel édité par Joseph Trotter, éditeur particulier du Scripps Research Institute (http://www.scripps.edu).

Eléments de pérennité

Logiciel déjà complet, il restera très utile dans sa version 2.9 pendant longtemps. De plus il est compatible Vista SP2.
Par contre il n'est plus en développement, et des outils payants (FlowJo) semblent plus adaptés pour l'analyse de données plus complexes (cinétiques, analyses à 14 couleurs) et à grande échelle comme en recherche clinique.

Références d'utilisateurs institutionnels

Logiciel fréquemment cité dans les publications internationales à comité de lecture

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Listes de diffusion liées à la biologie : http://www.protocol-online.org/forums/index.php
Ressources liées à la biologie : http://www.protocol-online.org

Documentation utilisateur
Divers (astuces, actualités, sécurité)
  • Enregistrer les noms des fichiers au format 8.3 pour faciliter leur lecture et réaliser des analyses en batch.
  • Dessiner des nuages de points et des histogrammes ou des courbes de densités pour un premier fichier, définir les régions, puis copier-coller le tout vers Powerpoint; maintenir Alt+Page Suivante pour passer au fichier suivant sans avoir à tout redéfinir, et ainsi de suite.