beads

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 20/08/10
  • Correction mineure : 17/11/10
Mots-clés

beads : détection et quantification de spots sur des images de gels d'électrophorèse 2D

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows
  • Version actuelle : 1.1.13 - aout 2010
  • Licence(s) : CeCILL
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Olivier Langella et Michel Zivy
  • Contact concepteur(s) : olivier.langella@moulon.inra.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : Génétique Végétale

 

Fonctionnalités générales du logiciel

"beads" (billes en Français) est un logiciel de détection et de quantification de spots sur des images de gels d'électrophorèse bidimensionnelle.
A partir d'une image de gel et de paramètres liés au type de gel et de coloration (Argent, Bleu colloïdal...), beads détecte la position des centres de spots, découpe leurs contours et calcule leur surface, volume, hauteur maximum. Le format des images de gels conseillé en entrée est le TIFF 16 bits, mais beads peut aussi bien utiliser les formats png, jpg ou tout autre format lisible par la bibliothèque ImageMagick.
Les résultats sont disponibles sous forme d'image affichant les contours des spots (bitmap ou SVG), de tableau de données (texte tabulé ou format gnumeric), ou de fichiers XML directement utilisables dans la base de données PROTICdb (PROTICdbML).
beads est doté d'une interface graphique qui permet aussi d'étiqueter les spots d'intérêts (les spots piqués pour analyse par spectrométrie de masse par exemple); ces informations sont ensuite exploitables dans le format PROTICdbML.

Développement :
le code source est disponible sur SourceSup.
Le dépôt subversion est accessible de façon anonyme en lecture seule :
svn checkout https://subversion.cru.fr/beads
Les contributeurs éventuels peuvent s'incrire sur le site SourceSup pour participer au développement.

Contexte d’utilisation du logiciel
  • beads permet une détection rapide des spots (de 10 à 15"), les exportations SVG ou bitmap permettant de rapidement illustrer le contenu d'un gel pour des présentations (publications, posters, présentations...).

  • beads est aussi utilisé au laboratoire pour les gels ne nécessitant pas d'appariement de spots (fonctionnalité absente pour le moment), les données sont ensuite stockées facilement dans PROTICdb.

  • De plus, beads permet, en double cliquant sur un spot, d'y ajouter un nom d'échantillon. Cette information est reconnue dans PROTICdb, qui l'associe automatiquement aux résultats d'identification MS correspondants.

Publications liées au logiciel

Langella, Olivier, et Michel Zivy. “A method based on bead flows for spot detection on 2-D gel images.” Proteomics 8, no. 23-24 (Décembre 2008): 4914-8.