Bio++

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 06/04/10
  • Correction mineure : 11/03/11
Mots-clés

Bio++ : ensemble de bibliothèques C++ dédiées à la bioinformatique

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Version actuelle : 2.0 - 08/02/2011
  • Licence(s) : CeCILL
  • Etat : diffusé, stable, diffusé en beta, en développement
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Éric Bazin, Khalid Belkhir, Bastien Boussau, Guillaume Deuchst, Julien Dutheil, Sylvain Gaillard, Nicolas Galtier, Sylvain Glémin, Manolo Gouy, Mathieu Groussin, Laurent Gueguen, Benoît Nabholz, Vincent Ranwez, Nicolas Rochette, Céline Scornavacca
  • Contact concepteur(s) : voir sur le site
  • Laboratoire(s), service(s)... : GenHort, ISEM, LBBE, LIRMM, Bioinformatics Research Centre (université d'Aarhus), Evolutionary biology centre (université d'Uppsala)

 

Fonctionnalités générales du logiciel

Bio++ est un ensemble de bibliothèques C++ dédiées à :

  • l'analyse de séquences,
  • la phylogénie,
  • l'évolution moléculaire,
  • la génétique des populations.

Bio++ propose un ensemble cohérent d'objets C++ aux développeurs d'applications bioinformatiques. Ces objets sont à la fois faciles à utiliser du point de vue développeur et optimisés du point de vue machine.

Contexte d’utilisation du logiciel

Bio++ est utilisé par différents logiciels, notamment :

  • bpp-suite : une suite de logiciels dont bppML, un logiciel de calcul de maximum de vraisemblance et d'optimisation d'arbres
  • CoMap : un logiciel de détection de coévolution au sein de séquences
  • ConTest : un logiciel détectant les sites sous contraintes biochimique au sein de protéines
  • détection de polymorphisme nucléotidique
  • ...

Publications liées au logiciel
  • Dutheil J, Boussau B. Non-homogeneous models of sequence evolution in the Bio++ suite of libraries and programs. BMC Evol Biol. 2008 Sep 22;8(1):255
  • Dutheil J, Gaillard S, Bazin E, Glémin S, Ranwez V, Galtier N, Belkhir K. Bio++: a set of C++ libraries for sequence analysis, phylogenetics, molecular evolution and population genetics. BMC Bioinformatics. 2006 Apr 4;7:188