CarthaGène

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 09/05/12
  • Correction mineure : 09/05/12
Mots-clés

CarthaGène : logiciel de cartographie génétique

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows
  • Version actuelle : 1.2.2 - 8/10/2010
  • Licence(s) : CeCILL-B, Licence propriétaire - Le logiciel inclut optionnellement une bibliothèque de résolution du problème du voyageur de commerce (LKH) dont la licence propriétaire n'autorise qu'un usage académique (les paquets incluant cette bibliothèque sont estampillés "-nonfree"). Le reste du logiciel est distribué sous licence CeCILL.
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : M. Bouchez, P. Chabrier, T. Faraut, S. de Givry, C. Gaspin, D. Leroux, J.C. Nelson (Kansas S.U.), B. Servin, T. Schiex
  • Contact concepteur(s) : thomas.schiex@toulouse.inra.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : Génétique Cellulaire, UBIA, Kansas S.U.

 

Fonctionnalités générales du logiciel

CarthaGène est un logiciel de cartographie génétique multi-populations. Il recherche les ordres consensus maximisant la vraisemblance des données en utilisant un algorithme EM rapide pour l'estimation de vraisemblance et plusieurs algorithmes puissants de recherche d'ordre.

Contexte d’utilisation du logiciel

CarthaGène est utilisé par les biologistes pour déterminer les cartes génétiques (répartition de marqueurs génétiques sur les chromosomes d'une espèce et ordres relatifs) d'espèces animales et végétales.

Publications liées au logiciel

Publication de référence :

  • CARTHAGENE: multipopulation integrated genetic and radiated hybrid mapping S. de Givry, M. Bouchez, P. Chabrier, D. Milan, et T. Schiex. Bioinformatics, 21(8): 1703-1704 (2005). Année de la première version : 1995.

Autres publications :

  • O. Demeure, C. Renard, M. Yerle, T. Faraut, J. Riquet, A. Robic, T. Schiex, A. Rink, D. Milan. Rearranged gene order between pig and human in A QTL region on SSC 7. Mammalian Genome, 2003.
  • T. Schiex, C. Gaspin. Genetic algorithms for genetic mapping. In Proc. of EA'97, Nïmes, France, 1997.
  • D. Milan, T. Schiex , M. Yerle, A. Rink, C. Beattie, R. Hawken, L. Schook, H. Yasue, M. Fredholm, G. Rohrer. Integration of Genetic and Radiation Hybrid Maps of the Pig : the Second Generation IMpRH Maps. Plant, Animal & Microbe Genomes X Conference, San Diego, CA, January 12-16, 2002.
  • P. Chabrier, C. Gaspin, T. Schiex. Demonstration of carthagene, a genetic/radiated hybric mapping software. Plant & Animal Genome VIII Conference, San Diego, CA, Computer Demonstration, C11, January 2000.
  • T. Schiex, P. Chabrier, M. Bouchez, D. Milan. Boosting EM for Radiation Hybrid and Genetic Mapping In the proceedings of WABI'2001 (First Workshop on Algorithms in Bioinformatics), LNCS 2149, August 2001.
  • P. Chabrier, C. Gaspin, T. Schiex. Carthagene: A maximum likelihood Multiple population genetic/radiated hybrid mapping software. Plant & Animal Genome VIII Conference, San Diego, CA, Poster, P19, January 2000.
  • T. Schiex, C. Gaspin, V. Laurent, B. Mangin. Constructing and joining maximum likelihood genetic maps. In Proc. of EUCARPIA'97, Poznan, Poland, 1997.
  • T. Schiex, C. Gaspin. Cartagene: Constructing and joining maximum likelihood genetic maps. In Proc. of ISMB'97, Halkidiki, Greece, June 1997.
  • V. Laurent, E. Wajnberg, B. Mangin, T. Schiex, C. Gaspin, F. Vanlerberghe-Masutti. A composite genetic map of the parasitoid wasp trichogramma brassicae based on rapd markers. Genetics, 150, Sepember 1998.