ESPript

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 12/02/10
  • Correction mineure : 12/02/10
Mots-clés

ESPript : visualisation d'alignements multiples corrélés à la structure secondaire

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like
  • Version actuelle : 2.0 - 2006
  • Licence(s) : Licence propriétaire -

    Une licence est accordée aux laboratoires académiques après demande faite par fax ou courrier aux auteurs.

    Une licence est accordée aux compagnies commerciales après demande faite par lettre recommandée auprès du CNRS et paiement d'un droit d'exploitation.

  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Patrice Gouet, Emmanuel Courcelle, Xavier Robert
  • Contact concepteur(s) : p.gouet@ibcp.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : IBCP, IPBS

 

Fonctionnalités générales du logiciel

ESPript est un programme écrit en fortran, capable de lire en entrée :

  • Un fichier d'alignement multiple de séquences protéiques,
  • Un fichier de structures secondaires au format DSSP,

et de générer un fichier postcript représentant l'alignement multiple (avec un code de couleur suivant le degré d'homologie entre séquences), ainsi que des symboles indiquant les structures secondaires. Il est ainsi aisé de déterminer d'éventuelles corrélations entre ces deux types d'informations.

ESPript travaille en mode conversationnel, il est simple de l'intégrer dans un fichier de commandes (script). Le fichier généré est de bonne qualité, et peut être utilisé tel quel dans une publication.

  • Un site web a été mis en place, il permet bien sûr d'héberger la documentation, mais il offre également une interface permettant d'utiliser ESPript de manière simple et en même temps très complète. Le site web permet par ailleurs de générer les figures dans d'autres formats que le postcript: tiff, png, pdf. Le fichier d'entrée d'ESPript étant accessbile, le site peut être également vu comme un tutoriel d'utilisation du programme en ligne de commande.
  • Une autre interface web, appelée ENDSCRIPT, a également été écrite: Elle permet la création d'un alignement multiple à partir d'un fichier pdb téléchargé (ou à partir d'un identifiant pdb), et d'afficher cet alignement avec les informations structurales connues. Plusieurs programmes externes (blast, clustal, phylodendron, dssp) sont appelés de manière transparente par ce script. ESPript est utilisé pour afficher les informations d'alignement de séquence, et Molscript, bobscript, dino pour afficher les informations de structure tridimensionnelle.

Ces deux sites sont mis à la disposition de la communauté des chercheurs en biologie structurale.

ESPript lit un très grand nombre de formats en entrée: MULTALIN/CLUSTAL/GCG/SEAVIEW/MAXHOM/THREADER/PDB.

Contexte d’utilisation du logiciel

Analyse comparative des relations structures/fonctions sur la base des informations de séquence et de structure 3D de protéines homologues. Optimisation d'alignements multiples.

Publications liées au logiciel

Gouet, P., Robert, X. & Courcelle E. (2003).
ESPript/ENDscript: extracting and rendering sequence and 3D information from atomic structures of proteins. Nucl. Acids Res. 31: 3320-3323