EuGène
Fonctionnalités générales du logiciel
EuGène est un prédicteur des gènes pour des organismes eucaryotes et procaryotes, générique et extensible.
Ainsi, il est capable d'intégrer de nombreuses sources d'information de différentes natures :
- il utilise des modèles probabilistes (comme les modèles de Markov) pour discriminer les régions codantes des non codantes ;
- il intègre les résultats de prédicteurs de signaux (site d'épissage, début de traduction) ;
- il peut également prendre en compte des similarités de séquences (EST, ARNm, protéines) et les résultats de prédicteurs de gènes existants;
- il produit la prédiction la plus cohérente avec toutes les informations intégrées.
Toutes les informations ci-dessus peuvent être lues au format natif EuGène ou au format standard GFF3.
EuGène est capable de prédire :
- des variants d'épissage alternatif,
- des ARN ne codant pas pour des protéines (ARNnc) depuis la version 3.6,
- des gènes chevauchants, des ARNnc antisens et des opérons en mode procaryote, depuis la version 4.0.
Le logiciel est écrit en C++. Les résultats sont disponibles sous plusieurs formats (GFF3, HTML, etc)