FLEXIBLE

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 11/01/10
  • Correction mineure : 11/01/10
Mots-clés

FLEXIBLE : déformation et changement de conformation biomolécules par excitations externes (Modes Statiques)

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Système : UNIX-like
  • Licence(s) : choix en cours, contacter l'auteur
  • Etat : en développement
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Mehdi Djafari Rouhani, Georges Landa, Marie Brut
  • Contact concepteur(s) : djafari@laas.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : LAAS

 

Fonctionnalités générales du logiciel

Ce logiciel est dédié à la simulation, à l’échelle atomique, de la flexibilité des molécules biologiques. Les déformations des biomolécules sous l’action de diverses excitations extérieures, appelées Modes Statiques, sont déterminées par inversion de la matrice Hessienne. Cette matrice peut être calculée à partir de modèles énergétiques variés, utilisant un traitement quantique ou une approximation classique.

Contexte d’utilisation du logiciel

Ce logiciel a été utilisé dans un cadre universitaire pour :

  • Etudier la flexibilité de quelques biomolécules spécifiques.
  • Examiner leur réponse à des excitations extérieures, provoquées en particulier par des ions en solution.
  • Reproduire des changements de conformation.
Publications liées au logiciel

M. Brut, A. Esteve, G. Landa, M. Djafari Rouhani
An alternative approach for the treatment of biomolecular flexibility: the static Modes
ISMB 2008, 16th Int. Conf. on Intelligent Systems for Molecular Biology, 19-23 July 2008, Toronto, Canada

M. Brut, A. Esteve, G. Landa, G. Renvez, M. Djafari Rouhani
The Static Modes: An alternative approach for the treatment of macro and bio-molecular induced-fit flexibility
Eur. Phys. J. E 28 (2009) 17

M. Brut, G. Renvez, A. Estève, M. Djafari Rouhani, G.Landa, D. Estève
Blind Prediction of Biomolecular Flexibility Through Static Modes
Symp. M, Bioinspired and Biointegrated Materials as New Frontiers Nanomaterials
E-MRS Spring meeting, 8-12 Juin 2009, Strasbourg