GraMoFoNe (Graph Motif For Networks) est un plugin pour le logiciel Cytoscape . Cytoscape est une plateforme open-source pour la visualisation et l'analyse de réseaux biologiques qui autorise le développement de plugin pour enrichir ses fonctionnalités.

Notre plugin cherche une occurrence connexe d'un motif (ensemble ou multi-ensemble de protéines) donné par l'utilisateur, dans un réseau d'interaction protéine-protéine chargé dans Cytoscape (un grand nombre de formats est supporté). La similarité est mesurée par une analyse de séquence via blastp. Les protéines du motif ont différentes couleurs, les protéines du réseau sont colorés par les couleurs des protéines du motif avec lesquelles elles sont homologues.

Précisons qu'un nœud du réseau peut avoir 0, 1 ou plusieurs couleurs. GraMoFoNe autorise les délétions (des protéines qui étaient dans le motif mais qui sont absentes du résultat), et les insertions (des protéines dans le résultat qui étaient absentes du motif) des nœuds colorés ou non.