masschroq
MassChroQ (Mass Chromatogram Quantification) est un logiciel libre pour l'analyse et la quantification des données issues de la spectrométrie de masse. Il est plus particulièrement adapté à l'analyse de données protéomiques issues de la chromatographie liquide - spectrométrie de masse (LC/MS), permettant d'effectuer l'alignement des temps chromatographiques, l'extraction des XIC et la détection des pics.
Il est totalement configurable, ce qui permet d'adapter son analyse à vos données, on peut ainsi analyser une liste de masses indiquées, la totalité des peptides identifiés avec ou sans marquage isotopique, avec ou sans pré-fractionnement, avec un choix de plusieurs filtres du signal, avec un choix entre deux méthodes d'alignements, deux méthodes de détection etc.
MasshChroQ est rapide (environ 5 minutes par Go de données analysées), peu gourmand en ressources (il n'utilise au plus que 400 Mo de RAM) et permet une analyse automatique d'un grand nombre d'échantillons d'un coup. De plus toutes les données qu'il utilise et produit sont sous des formats ouverts (xml, gnumeric, csv, ods).
MassChroQ prend en entrée un fichier de format XML appelé masschroqML, dans lequel l'utilisateur indique les fichiers à analyser ainsi que les différentes étapes et paramètres de l'analyse qu'il souhaite effectuer sur ceux-ci. Vous trouverez de l'aide pour générer ce fichier sur le site web du logiciel. Quant aux données issues de la LC-MS, MassChroQ peut lire les formats ouverts standards mzXML et mzML. Les peptides identifiés peuvent lui être fournis par des fichiers tabulés, ou alors si vous utilisez X!Tandem pour l'identification, ils seront directement générés dans le masschroqML avec la "X!Tandem pipeline" (http://pappso.inra.fr/bioinfo/xtandempipeline/).
MassChroQ est un logiciel libre et gratuitement téléchargeable sous licence GPL.