Narcisse

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 12/03/10
  • Correction mineure : 12/03/10
Mots-clés

Narcisse : navigateur de génomes comparés

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.

 

Fonctionnalités générales du logiciel

Narcisse est un outil de comparaison de génomes entièrement séquencés doté d’un navigateur permettant d’explorer à différentes échelles, des nucléotides aux chromosomes, les résultats de comparaison.

Il repose sur le principe de comparaison exhaustive de génomes deux-à-deux, à la fois au niveau nucléique et au niveau protéique. Cet outil a essentiellement deux composantes :

  1. Un pipeline de comparaison de génomes: à partir de génomes entièrement séquencés et de leurs annotations, il procède à l’identification de similitudes locales (alignements locaux à l’aide d’un outil spécifique développé par l’équipe) puis à la reconstruction de segments conservés à différents niveaux de résolution.
  2. Un navigateur de génomes comparés qui permet d’exploiter les différents niveaux de conservation identifiés par le processus décrit ci-dessus. Ce navigateur permet en particulier d’étudier aussi bien les conservations locales dans le voisinage des gènes que des conservations de segments chromosomiques. De nombreuses représentations sont proposées : dotplot, représentation de cartes comparées, représentation circos. La possibilité d’ajouter des données personnelles et de réaliser des comparaisons avec ses propres séquences permet d’adapter le navigateur à des besoins propres.

Nous maintenons une installation donnant accès aux comparaisons de génomes animaux, végétaux, de champignons et aussi de bactéries, à partir des données publiques. Il est par ailleurs possible d'accéder à ces données par l'intermédiaire de services Web Biomoby.

Narcisse peut être téléchargé et installé localement afin de répondre à des besoins spécifiques. Une API, qui repose sur l’API d’Ensembl, permet d’accéder facilement aux données génomiques, tandis qu'une API développée spécialement permet quant à elle d'accéder aux données de comparaison.

Contexte d’utilisation du logiciel

Démarche d’exploration de génomes entièrement séquencés et annotés par une approche de génomique comparative.

Publications liées au logiciel

Courcelle E, Beausse Y, Letort S, Stahl O, Fremez R, Ngom-Bru C, Gouzy J, Faraut T (2008). Narcisse: a mirror view of conserved syntenies. Nucleic Acids Res 36(Database issue):D485-90.