NemoFish

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 22/02/10
  • Correction mineure : 22/02/10
Mots-clés

NemoFish : analyse d'image pour les gènes et territoires chromosomiques en FISH 3D

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows
  • Version actuelle : 1.5 - 07/12/2009
  • Licence(s) : Autre - Creatice Commons V2 pour faire du freeware mais pas de l'open source (pas encore)
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Eddie Iannuccelli, Thomas Boudier
  • Contact concepteur(s) : eddie.iannuccelli@toulouse.inra.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : Génétique Cellulaire, Univ Paris 6 (UPMC)

 

Fonctionnalités générales du logiciel

Nemo (un autre logiciel NEMO est décrit dans PLUME, nous obligeant d'identifier par NemoFish notre logiciel pour Plume) est un logiciel d'analyse d'images permettant de détecter chromosomes, gènes, ARN et autres séquences marquées dans des noyaux cellulaires acquis en microscopie confocale (3D). Nemo propose une détection automatique, semi-automatique ou manuelle des objets, il fournit un certain nombre de caractéristiques pour chaque objet détecté (coordonnées de l'isobarycentre, volume, surface, compacité,distance de feret) ainsi que plusieurs distances pour chaque paire d'objets (distance centre à centre, bord à bord, bord à centre, angles via le centre du noyau, % de colocalisation). L'ensemble des mesures peut être stocké dans une base de données MySQL interrogeable via une interface dédiée.

Contexte d’utilisation du logiciel

Etude de la dynamique nucléaire dans différents états cellulaires

Publications liées au logiciel

NEMO: a tool for analyzing gene and chromosome territory distributions from 3D-FISH experiments
E. Iannuccelli; F. Mompart; J. Gellin; Y. Lahbib-Mansais; M. Yerle; T. Boudier
Bioinformatics 2010; doi: 10.1093/bioinformatics/btq013