Populations

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 23/11/10
  • Correction mineure : 23/11/10
Mots-clés

Populations : calculs de distances génétiques entre populations ou individus

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows
  • Version actuelle : 1.2.32 - 24 février 2010
  • Licence(s) : GPL
  • Etat : validé (au sens PLUME)
  • Support : maintenu, sans développement en cours
  • Concepteur(s) : Olivier Langella
  • Contact concepteur(s) : olivier.langella@moulon.inra.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : Génétique Végétale

 

Une fiche logiciel décrit plus en détail ce développement, consultez la pour plus d’informations : Populations
Fonctionnalités générales du logiciel
  • Calcul de distances génétique entre populations ou individus basé sur les fréquences allèliques.

  • Reconstruction d'arbre phylogénétiques (UPGMA ou Neighbour Joining) à partir de matrices de distances, avec ou sans bootstrap sur les locus ou individus.

  • Calculs de fréquences allèliques, Fstats.

  • Lecture et conversion de données entre les formats Populations, Genepop, Immanc, microsat, LEA Likelihood Estimation of Admixture, Admix (G. Bertorelle), Genetix, Fstat (Jérôme Goudet)

Contexte d’utilisation du logiciel

Populations est utilisé dans de nombreuses études sur la structuration de populations, diversité génétique, étude des introgressions. La publication originale montre une application du logiciel sur les populations d'abeilles des Landes.

Populations est utilisé dans de nombreux contextes différents :

  • étude génétique sur des champignons pathogènes :
    Dutech, C, O Fabreguettes, X Capdevielle, et C Robin. “Multiple introductions of divergent genetic lineages in an invasive fungal pathogen, Cryphonectria parasitica, in France.” HEREDITY 105, n°. 2 (Août 2010): 220-228.
  • culture de végétaux (mangues) :
    Hirano, R, TH Oo, et KN Watanabe. “Myanmar mango landraces reveal genetic uniqueness over common cultivars from Florida, India, and Southeast Asia.” GENOME 53, n°. 4 (Avril 2010): 321-330.
  • diversité génétique d'espèces de poissons :
    Stott, W, JA VanDeHey, et BL Sloss. “Genetic diversity of lake whitefish in lakes Michigan and Huron; sampling, standardization, and research priorities.” JOURNAL OF GREAT LAKES RESEARCH 36 (2010): 59-65.
Publications liées au logiciel

Perrier, C., J. Strange, O. Langella, W.S. Sheppard, et L. Garnery. “Diversité génétique, introgressions mitochondriales et nucléaires dans une population d'abeilles des landes de gascogne.” Actes du BRG, n°. 4 (2003): 79-100.