pyQPCR

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 19/02/10
  • Correction mineure : 11/01/12
Mots-clés

pyQPCR : traiter les données de PCR quantitative pour obtenir les quantifications relatives ou absolues

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Version actuelle : pyqpcr-0.9 - 03/01/2012
  • Licence(s) : GPL
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Thomas GASTINE et Magali HENNION
  • Contact concepteur(s) : tgastineATusers.sourceforge.net
  • Laboratoire(s), service(s)... : LBME

 

Fonctionnalités générales du logiciel

pyQPCR est un logiciel libre à l'usage des biologistes. Il permet de traiter les données de PCR (polymerase chain reaction) quantitative en temps réel pour obtenir les quantifications relatives ou absolues. Cette méthode de biologie moléculaire est en plein essor et nombre d'utilisateurs rencontrent des difficultés pour convertir les données brutes en quantités fiables avec une estimation d'erreur correcte.

A partir des données brutes de qPCR (Ct ou cycles seuils) importées depuis une ou plusieurs plaques (96 ou 384 puits), le logiciel calcule l'efficacité des PCR par le tracé des courbes standard (avec l'erreur), et les quantifications relatives par la méthode des delta-delta Ct améliorée (Hellemans et al., 2007) ou les quantifications absolues. Un plan de plaque modifiable permet de préciser ce qu'il y a dans chaque puits, puis un simple clic lance les calculs. Les résultats sont alors affichés dans un tableau et tracés sous forme de graphiques personnalisables.

Nous avons pour but de mettre à la disposition du public un outil le plus complet possible et utilisant les algorithmes récents et largement acceptés par la communauté scientifique. Le programme permet l'import des données brutes depuis divers appareils (Realplex d'Eppendorf, AB7000, AB7500, AB7700, AB7900 et StepOne d'Applied, LightCycler 480 de Roche, Biorad MyIQ 2 et 5, Biorad C1000, Cepheid SmartCycler, Corbett, Stratagene Mx3000 et Mx3005, ESCO spectrum 48, Illumina Eco). Une adaptation aux autres appareils de qPCR est facilement réalisable, il nous suffit d'avoir un exemple de fichier de données brutes exportés depuis les logiciels associés à ces appareils (n'hésitez pas à nous en envoyer!). Le logiciel permet d'importer et de traiter les données de plusieurs plaques en un même projet. De plus, la possibilité de définir plusieurs gènes de référence est incluse dans le logiciel.

pyQPCR est codé en langage python en utilisant la librairie Qt4 pour la partie graphique. Il est donc utilisable sur toutes les plateformes (Linux, Windows et MacOS X).

Contexte d’utilisation du logiciel

Le logiciel est stable et nous continuons de développer de nouvelles fonctionnalités. La partie graphique est bien aboutie, nous avons réglé les derniers soucis statistiques et ajouté la possibilité de prendre en compte plusieurs plaques et plusieurs gènes de référence. Nous sommes en train de corriger des bugs mineurs, d'ajouter le support de nouveaux appareils et de rédiger une aide plus complète et un tutoriel. Le logiciel est encore peu diffusé mais nous travaillons actuellement à la finalisation de ce logiciel et à sa diffusion.