S-MART permet tout d'abord de traiter et sélectionner les données issues d'expériences RNA-Seq ou ChIP-Seq avec :

• La sélection par rapport à un jeu de référence (garder toutes les lectures chevauchant des gènes d'intérêt).
• L'exclusion par rapport à un ensemble de données (éliminer toutes les lectures chevauchant des ARN de transfert, qui polluent généralement les données).
• La fusion des lectures en "clusters".
• L'analyse comparative dans deux conditions différentes.

S-MART peut aussi créer des graphiques afin de visualiser les données avec :

• La taille des lectures.
• La répartition sur le génome.
• La distance par rapport à un jeu de références.

S-MART peut de plus effectuer une recherche d'éléments différentiellement exprimés, et comparer des données d'expression avec d'autres types de données (notamment ChIP-seq).

S-MART peut être utilisé en ligne de commande ou par une interface graphique.