S-MART
Fonctionnalités générales du logiciel
S-MART permet tout d'abord de traiter et sélectionner les données issues d'expériences RNA-Seq ou ChIP-Seq avec :
- La sélection par rapport à un jeu de référence (garder toutes les lectures chevauchant des gènes d'intérêt).
- L'exclusion par rapport à un ensemble de données (éliminer toutes les lectures chevauchant des ARN de transfert, qui polluent généralement les données).
- La fusion des lectures en "clusters".
- L'analyse comparative dans deux conditions différentes.
S-MART peut aussi créer des graphiques afin de visualiser les données avec :
- La taille des lectures.
- La répartition sur le génome.
- La distance par rapport à un jeu de références.
S-MART peut de plus effectuer une recherche d'éléments différentiellement exprimés, et comparer des données d'expression avec d'autres types de données (notamment ChIP-seq).
S-MART peut être utilisé en ligne de commande ou par une interface graphique.