S-MART

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 31/03/10
  • Correction mineure : 14/11/11
Mots-clés

S-MART : analyse de données de séquençage haut-débit

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like, Windows, MacOS X
  • Version actuelle : 1.0.15 - 10/10/11
  • Licence(s) : CeCILL
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Matthias Zytnicki
  • Contact concepteur(s) : matthias.zytnicki@versailles.inra.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : URGI

 

Fonctionnalités générales du logiciel

S-MART permet tout d'abord de traiter et sélectionner les données issues d'expériences RNA-Seq ou ChIP-Seq avec :

  • La sélection par rapport à un jeu de référence (garder toutes les lectures chevauchant des gènes d'intérêt).
  • L'exclusion par rapport à un ensemble de données (éliminer toutes les lectures chevauchant des ARN de transfert, qui polluent généralement les données).
  • La fusion des lectures en "clusters".
  • L'analyse comparative dans deux conditions différentes.

S-MART peut aussi créer des graphiques afin de visualiser les données avec :

  • La taille des lectures.
  • La répartition sur le génome.
  • La distance par rapport à un jeu de références.

S-MART peut de plus effectuer une recherche d'éléments différentiellement exprimés, et comparer des données d'expression avec d'autres types de données (notamment ChIP-seq).

S-MART peut être utilisé en ligne de commande ou par une interface graphique.

Contexte d’utilisation du logiciel

Les récentes techniques de séquençage ont permis à la majorité des laboratoires de réaliser pour un coût abordable de nouvelles expériences de séquençage haut-débit. S-MART permet d'analyser rapidement sur un ordinateur personnel des millions de lectures issues du séquençage.

S-MART a été testé sur un PC standard avec 4 Go de RAM, cadencé à 3 GHz, sur des données 454 et Solexa (jusqu'à 20 millions de séquences). Il accomplit la plupart des tâches en moins d'une heure, et jusqu'à une journée pour les calculs les plus difficiles. Le passage à l'échelle ne devrait pas poser de problèmes.

S-MART utilise plusieurs logiciels gratuits et facilement téléchargeables : Python, Java et R.

Publications liées au logiciel

Accepté dans PLoS One.