SODA

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 05/11/09
  • Correction mineure : 12/05/12
Mots-clés

SODA : dessin des oligonucléotides pour la méthode de clonage SLIC

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : Windows, MacOS X
  • Version actuelle : 1.0 - Décembre 2008
  • Licence(s) : CeCILL
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : maintenu, sans développement en cours
  • Concepteur(s) : Margot Correa et Séraphin Bertrand
  • Contact concepteur(s) : seraphin@igbmc.fr, correa@cgm.cnrs-gif.fr
  • Laboratoire(s), service(s)... : CGM

 

Fonctionnalités générales du logiciel

SODA est un outil qui permet de générer automatiquement les oligonucléotides nécessaires à la méthode de clonage SLIC (Sequence and ligation-independent cloning).
SODA nécessite la séquence du vecteur et du ou des inserts.
Pour le vecteur, l’utilisateur peut entrer la séquence circulaire du vecteur et choisir une ou deux enzymes de restriction nécessaire à sa linéarisation, ou entrer la séquence linéarisé du vecteur.
SODA a été développé dans un environnement linux en utilisant le langage Php.

Contexte d’utilisation du logiciel

Dans notre laboratoire, nous utilisons SODA pour obtenir le dessin des oligonucléotides nécessaires à la méthode de clonage SLIC (Sequence and ligation-independent cloning).

Commentaires

Responsable thématique précédent

Cette fiche a d'abord été suivie par le responsable thématique Jean-Luc Archimbaud. Christelle Dantec l'a reprise en mai 2012.