T-lex

Fiche dév Ens Sup - Recherche
  • Création ou MAJ importante : 24/04/13
  • Correction mineure : 03/06/13
Mots-clés

T-lex : annotation d'éléments transposables à partir de données de séquençage (NGS)

Ce logiciel a été développé (ou est en cours de développement) dans la communauté de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Son état peut être variable (cf champs ci-dessous) donc sans garantie de bon fonctionnement.
  • Site web
  • Système : UNIX-like
  • Version actuelle : Version 2 - Juillet 2012
  • Licence(s) : GPL - la licence
  • Etat : diffusé, stable
  • Support : maintenu, développement en cours
  • Concepteur(s) : Anna-Sophie Fiston-Lavier, PhD
  • Contact concepteur(s) : afiston@stanford.edu
  • Laboratoire(s), service(s)... : Labo à l'étranger, School of Medicine of the Stanford University - equipe de D.Petrov

 

Fonctionnalités générales du logiciel

T-lex (version 2) est un paquetage pour l'annotation des éléments transposables (ET) via l'utilisation de données de séquençage nouvelle génération (NGS). Il comprend deux pipelines:

  • l'un pour détecter la présence/absence des ET annotés dans une séquence de référence ("présence/absence" pipeline).
  • l'autre pour détecter et annoter les nouveaux ET - absence d'une séquence de référence ("de novo" pipeline).

Les deux pipelines de T-lex recherchent les lectures ("reads") et paires de lectures ("paired-ends") partiellement alignées ("mappées") et "matchant" avec la séquence d'un ET.

T-lex2 permet également l'annotation des TSD ("Target Site Duplication"), trace le mécanisme de transposition et ainsi l’optimisation des annotations des insertions d’ET. Pour chaque ET annoté, T-lex2 détecte sa présence et/ou son absence dans un génome via l'analyse de données de re-séquençage. T-lex2 a aussi la capacité d'estimer la fréquence des ETs dans des populations pour plusieurs ET via l'utilisation de données de re-séquençage individuelles ou des données regroupées.

Pour plus d'information voir le doc: http://petrov.stanford.edu/cgi-bin/Tlex.html

Contexte d’utilisation du logiciel

Ce paquetage est utilisé dans un contexte de recherches menées sur la dynamique et l'impact des répétitions sur l'adaptation des génomes.
T-lex peut s'utiliser pour:

  • estimer le contenu en éléments transposables d'un génome non-assemblé.
  • annoter les éléments transposables absents de la séquence de référence mais présents dans un génome de la même espèce.
  • ré-annoter les éléments transposables déjà annotés dans la séquence de référence.
  • annoter, pour chaque élément transposable préalablement annoté, les TSD ("Target Site Duplication"), trace du mécanisme de transposition.
  • détecter la présence et/ou l'absence d'un élément transposable annoté dans un ou plusieurs génome(s).
  • estimer la fréquence d'un élément transposable dans une population en combinant les résultats de détection dans plusieurs génomes ou en utilisant des "pool" de données de séquençage d'une même population.
Publications liées au logiciel

Fiston-Lavier AS, Carrigan M, Petrov DA and Gonzalez J. T-LEX: A program for fast and accurate assessment of transposable element presence using next-generation sequencing data. Nuc. Acids. Res. 2011 Mar 1;39(6):e36. Epub 2010 Dec 21

T-lex a été cité dans:

Population genomics of transposable elements in Drosophila melanogaster
DA Petrov, AS Fiston-Lavier, M Lipatov… - Molecular biology and …, 2011 - SMBE

Evolution of Genome Content: Population Dynamics of Transposable Elements in Flies and Humans
J Gonzalez… - Methods in molecular biology (Clifton, NJ), 2012 - Springer

Sequencing of Pooled DNA Samples (Pool-Seq) Uncovers Complex Dynamics of Transposable Element Insertions in Drosophila melanogaster. R Kofler, AJ Betancourt… - PLoS Genetics, 2012 - dx.plos.org

Bioinformatics and genomic analysis of transposable elements in eukaryotic genomes.
M Janicki, R Rooke… - Chromosome Research, 2011 - Springer

Transposable Elements and Their Identification.
W Makałowski, A Pande, V Gotea… - Methods in molecular …, 2012 - Springer

Whole Genome Resequencing Reveals Natural Target Site Preferences of Transposable Elements in Drosophila melanogaster.
RS Linheiro… - PloS one, 2012 - dx.plos.org

Transposable Elements: From DNA Parasites to Architects of Metazoan Evolution.
O Piskurek… - Genes, 2012