Article OPAL - Conception d'une ferme de calcul pour la plateforme bioinformatique ATGC - nov 2010

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  • Création ou MAJ importante : 26/01/11
  • Correction mineure : 01/12/11
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Article OPAL - Conception d'une ferme de calcul pour la plateforme bioinformatique ATGC - nov 2010

L’augmentation de la quantité de données biologiques crée des besoins en infrastructure de calcul. L'équipe de recherche Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique (MAB) développe des méthodes et des outils pour la biologie moléculaire à grande échelle. Ces travaux sont valorisés et distribués sur la plateforme ATGC. Les besoins de l'équipe sont liés à deux usages : un usage de production et un usage dédié aux expérimentations. L'équipe RéseauX du Service Technique Informatique (STI-RX) du Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier (LIRMM) a répondu aux besoins de la plateforme en proposant une architecture basée sur Sun Grid Engine et Mosix. L'équipe MAB est autonome sur certaines tâches de gestion, notamment par le biais d'un outil développé en interne : nadm.