Format BAR : Binary ARchive (Génome)

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  • Création ou MAJ importante : 15/02/10
  • Correction mineure : 30/03/10
  • Fiches logiciel PLUME connexes : MACS
Mots-clés

Format BAR : Binary ARchive (Génome)

Acronyme : BAR

Nom complet : Binary ARchive

Description courte : Fichier binaire.
Format pour décrire des informations d'analyse (signal, p-value pour des positions génomiques) de tiling array. Ce format a été créé par Affymetrix mais d'autres logiciels se le sont appropriés.

Extension par convention : .bar

Document de standardisation : http://www.affymetrix.com/support/developer/powert...

Avantages : Est peu volumineux comparé à un fichier texte.

Inconvénients :

  • La lecture du fichier n'est pas aussi aisée pour que un fichier texte.
  • Dépend de la norme utilisée pour lire le fichier bar.

Utilisations recommandées :
Souvent utilisé pour des données de ChIP on Chip (Chromatin ImmunoPrecipitation on Chip) ou de chIP-seq (ChIP-Sequencing)

Logiciels de traitement les plus connus :

  • Tiling Analysis Software d'Affymetrix, format accepté en entrée et en sortie

  • IGB, format accepté en entrée
  • Cisgenome, format généré