GMOD : Generic Model Organism Database (pour la biologie)

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  • Création ou MAJ importante : 06/11/08
  • Correction mineure : 01/12/11
Mots-clés

GMOD : Generic Model Organism Database (pour la biologie)

Description brève

GMOD est un projet qui regroupe une collection de bases de données et de logiciels libres interconnectés dédiés aux données biologiques.

Le projet GMOD :

Les techniques modernes, en biologie (séquençage, transcriptome, …), génèrent aujourd’hui des quantités de données de plus en plus importantes. Et la plupart des petites communautés n’ont pas les moyens matériels/humains de recréer leur propre système de gestion de données. De plus le développement d’une nouvelle base de données communautaire, ayant pour vocation de non seulement rendre disponible les données associées au génome, mais aussi rendre possible une curation de ces données par les biologistes, représente un coût non négligeable. De cette idée est né le projet GMOD.

L’objectif du projet GMOD est de fournir une série d’outils génériques, clé en main, pour gérer et visualiser tous types de données biologiques. Derrière le projet GMOD, il y a environ une centaine de développeurs répartis dans le monde, qui améliorent les différents logiciels, mais également aident les utilisateurs à la mise en place de ces outils.

Quelques composants du projet GMOD :

  • chado est le nom du schéma relationnelle (implémenté en PostgreSQL) permettant de stocker, potentiellement, tous les types de données biologiques. Ce schéma modulaire utilise les ontologies (Sequence Ontology, Gene Ontology, …), ce qui le rend extrêmement flexible mais également compatible avec les autres bases de données.
  • Gbrowse, pour Generic Genome Browser, est probablement le plus populaire des composants du projet GMOD. Cette application web interactive permet de visualiser des annotations sur un génome sous forme graphique.
  • Apollo est un éditeur graphique d’annotation de génome implémenté en Java.
  • La description des autres composants du projet GMOD est disponible sur le site web http://www.gmod.org

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Conférence sur gmod

Organisation d'une Conférence sur l’utilisation des outils GMOD à Lille Lundi 14 mai 2012.
http://www.biorigami.com/?p=2717