HomeLogiciels validés, à valider ou en tests pour la recherche ou l'enseignement en biologie
Ces logiciels sont listés selon la date de première publication de la fiche sur PLUME, de la plus récente à la plus ancienne. En cliquant sur 'Logiciel' (titre de colonne) vous pouvez changer l'ordre d'affichage.
Vous pouvez aussi consulter une liste des ressources en biologie.
| Logiciel | Description | Système(s) | Fonctionnalités |
|---|---|---|---|
| NDPITools | conversion de fichiers NDPI (Nanozoomer Digital Pathology Image) au format TIFF ou JPEG | UNIX-like, Windows, MacOS X | traitement d'images |
| Trinity | assemblage de-novo de séquences RNAseq | UNIX-like | |
| InterProScan | identification dans un jeu de séquences des signatures protéiques d'intérêt | UNIX-like | traitement de données |
| R Commander | interface graphique pour réaliser des traitements statistiques avec le logiciel R | UNIX-like, Windows, MacOS X | environnement logiciel, statistiques, traitement de données |
| Ensembl API | interface de programmation pour l'accès aux bases de donnees Ensembl | UNIX-like, Windows, MacOS X | accès distant, base de données, diffusion information, gestion de contenu, modélisation |
| X!TandemPipeline | filtrage, édition, regroupement de résultats d'identifications MS | UNIX-like, Windows, MacOS X | traitement de données |
| MixNet/MixeR | statistiques : Mixture Models for Networks | UNIX-like, Windows, MacOS X | statistiques |
| cluster | classification hiérarchique, k-means... pour données de puces à ADN | Windows | statistiques, traitement de données |
| Free-D | reconstitution 3D et analyse des structures biologiques | UNIX-like, Windows, MacOS X | modélisation, statistiques, traitement d'images, traitement de données, visualisation |
| Serial Cloner | outil d'analyse et de visualisation de séquences d'ADN | UNIX-like, Windows, MacOS X | traitement de données |
| SITools2 | système d'accès aux données scientifiques | UNIX-like, Windows, MacOS X | archivage, base de données, service web, visualisation |
| Avogadro | éditeur et visualiseur de molécules | UNIX-like, Windows, MacOS X | dessin, modélisation, traitement de données, visualisation |
| OpenLayers | bibliothèque javascript pour applications cartographiques | UNIX-like, Windows, MacOS X | service web, traitement d'images, traitement de données, visualisation |
| DIRAC | cadre et composants pour créer des systèmes de calcul distribués | UNIX-like | calcul distribué, partage de fichiers, traitement de données |
| ergatis | moteur de workflow | UNIX-like | calcul distribué, service web, workflow |
| QTLMap | détection de QTL en population consanguine (agronomie) | UNIX-like | traitement de données |
| circos | visualisation synthétique de données de génomique comparée (ou tout autre réseau) | UNIX-like, Windows, MacOS X | visualisation |
| TONTO | boite à outils de chimie computationnelle | UNIX-like, Windows, MacOS X | |
| SHELX | résolution et affinement de structures cristallographiques | UNIX-like, Windows, MacOS X | traitement de données |
| samtools | Manipuler des alignements au format SAM/BAM (biologie) | UNIX-like | traitement de données |
| Mychem | manipulation de données chimiques dans MySQL | UNIX-like, Windows, MacOS X | base de données, traitement de données |
| Gabedit | interface graphique pour différentes applications de chimie computationnelle | UNIX-like, Windows, MacOS X | |
| OpenAlea | modélisation des plantes à différentes échelles | UNIX-like, Windows, MacOS X | environnement logiciel, modélisation, traitement de données, visualisation |
| OpenElectrophy | analyse de données électrophysiologiques intra ou extra cellulaire | UNIX-like, Windows, MacOS X | traitement de données |
| Capsis | simulation de la croissance et de la dynamique des peuplements forestiers | UNIX-like, Windows, MacOS X | environnement logiciel, modélisation, traitement de données, travail collaboratif, visualisation |
| ParadisEO | plateforme de développement de métaheuristiques hybrides parallèles sur grilles de calcul | UNIX-like, Windows, MacOS X | biblio. informatique, calcul distribué, modélisation |
| MACS | logiciel d'analyse ChIP Seq (biologie) | UNIX-like, Windows | statistiques, traitement de données |
| Galaxy | plateforme pour analyser les données génomiques | UNIX-like, MacOS X | partage de fichiers, service web, tableur, traitement de données, visualisation |
| FactoMineR | package du logiciel R dédié à l'analyse de données | UNIX-like, Windows, MacOS X | statistiques |
| Monolix | analyse de modèle non-linéaire à effets mixtes | UNIX-like, Windows, MacOS X | modélisation, statistiques |
| Protégé | éditeur d'ontologies, framework de base de connaissances, cartographie de système d'information | UNIX-like, Windows, MacOS X | diffusion information, gestion de parc, gestion de projets, modélisation |
| Mobyle | framework pour intégrer les logiciels bioinformatiques | UNIX-like, MacOS X | calcul distribué, service web, traitement de données, workflow |
| THESIAS | génétique statistique : test d'association haplotypes - phénotype chez des individus non apparentés | UNIX-like, Windows | statistiques |
| OpenBabel | boite à outils pour logiciels de chimie | UNIX-like, Windows, MacOS X | modélisation, traduction, traitement de données |
| APE | éditeur d'ADN en général et plasmides en particulier | Windows, MacOS X | |
| VLE | Virtual Laboratory Environment : environnement de multi-modélisation et de simulation | UNIX-like, Windows, MacOS X | modélisation |
| Generic Mapping Tools (GMT) | génération de cartes géographiques, affichage de données scientifiques géographiques et cartésiennes | UNIX-like, Windows, MacOS X | traitement d'images, traitement de données, visualisation |
| PLINK | analyse de type "génome-entier" | UNIX-like, Windows, MacOS X | traitement de données |
| SNPTEST | analyses d’association “génome-entier” à partir de SNPs | UNIX-like, Windows, MacOS X | traitement de données |
| IMPUTE | estimation des génotypes de SNPs non directement génotypés par des instruments | UNIX-like, Windows, MacOS X | traitement de données |
| Apollo | visualisation et édition d'annotations génomiques | UNIX-like, Windows, MacOS X | environnement logiciel, traitement de données, visualisation |
| BLAST | comparaison de séquences nucléiques ou protéiques | UNIX-like, Windows, MacOS X | traitement de données |
| GBrowse | Generic Genome Browser : visualisateur d’informations à l’échelle génomique | UNIX-like, MacOS X | accès distant, base de données |
| pDRAW32 | outil de biologie moléculaire (annotations, analyse, clonage, restriction enzymatique) | Windows | traitement de données |
| dot (Graphviz) | pour dessiner des graphes | UNIX-like, Windows, MacOS X | dessin, visualisation |
| CraneFoot | visualisation graphique d'arbres familiaux (pedigree) | UNIX-like, Windows, MacOS X | dessin |
| BioPerl | bibliothèque Perl de modélisation et traitement de données de biologie | UNIX-like, Windows, MacOS X | biblio. informatique, modélisation, traitement de données |
| chimera | visualisation de protéines, petites molécules... | UNIX-like, Windows, MacOS X | modélisation |
| ImageJ | analyse d'images multiplateformes | UNIX-like, Windows, MacOS X | traitement d'images, traitement de données, visualisation |
| Coot | modélisation et validation de structures de protéines | UNIX-like, Windows, MacOS X | modélisation |
| Taverna | Conception de workflows et moteur d'exécution | UNIX-like, Windows, MacOS X | accès distant, calcul distribué, modélisation, service web, traitement de données, workflow |
| Cytoscape | visualisation et analyse des réseaux d’intéraction | UNIX-like, Windows, MacOS X | traitement de données, visualisation |
| Perl | langage de script orienté système, utilisable également pour des applications "métiers" | UNIX-like, Windows, MacOS X | compilateur, debogueur, environnement logiciel, langage informatique |
| WinMDI | analyse des données de cytométrie (biologie) | Windows | traitement de données |
| EMBOSS | suite logicielle pour les analyses bioinformatiques | UNIX-like, Windows, MacOS X | statistiques, traitement de données |
| Vector NTI | gestion et analyses de molécules biologiques (ADN ou protéines) | Windows, MacOS X | base de données, traitement de données |
| BASE | stockage et analyse de données de puces à ADN | UNIX-like | base de données, diffusion information, traitement de données, visualisation |
| BioMAJ | moteur de workflows pour la synchronisation des données (en biologie notamment) | UNIX-like, MacOS X | traitement de données, workflow |
| R | analyse statistique et réalisation de graphiques | UNIX-like, Windows, MacOS X | environnement logiciel, langage informatique, statistiques, traitement de données |
| Populations | génétique des populations | UNIX-like, Windows |
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