Logiciels validés, à valider ou en tests pour la recherche ou l'enseignement en biologie

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Logiciel Description Système(s) Fonctionnalités
NDPITools conversion de fichiers NDPI (Nanozoomer Digital Pathology Image) au format TIFF ou JPEG UNIX-like, Windows, MacOS X traitement d'images
Trinity assemblage de-novo de séquences RNAseq UNIX-like
InterProScan identification dans un jeu de séquences des signatures protéiques d'intérêt UNIX-like traitement de données
R Commander interface graphique pour réaliser des traitements statistiques avec le logiciel R UNIX-like, Windows, MacOS X environnement logiciel, statistiques, traitement de données
Ensembl API interface de programmation pour l'accès aux bases de donnees Ensembl UNIX-like, Windows, MacOS X accès distant, base de données, diffusion information, gestion de contenu, modélisation
X!TandemPipeline filtrage, édition, regroupement de résultats d'identifications MS UNIX-like, Windows, MacOS X traitement de données
MixNet/MixeR statistiques : Mixture Models for Networks UNIX-like, Windows, MacOS X statistiques
cluster classification hiérarchique, k-means... pour données de puces à ADN Windows statistiques, traitement de données
Free-D reconstitution 3D et analyse des structures biologiques UNIX-like, Windows, MacOS X modélisation, statistiques, traitement d'images, traitement de données, visualisation
Serial Cloner outil d'analyse et de visualisation de séquences d'ADN UNIX-like, Windows, MacOS X traitement de données
SITools2 système d'accès aux données scientifiques UNIX-like, Windows, MacOS X archivage, base de données, service web, visualisation
Avogadro éditeur et visualiseur de molécules UNIX-like, Windows, MacOS X dessin, modélisation, traitement de données, visualisation
OpenLayers bibliothèque javascript pour applications cartographiques UNIX-like, Windows, MacOS X service web, traitement d'images, traitement de données, visualisation
DIRAC cadre et composants pour créer des systèmes de calcul distribués UNIX-like calcul distribué, partage de fichiers, traitement de données
ergatis moteur de workflow UNIX-like calcul distribué, service web, workflow
QTLMap détection de QTL en population consanguine (agronomie) UNIX-like traitement de données
circos visualisation synthétique de données de génomique comparée (ou tout autre réseau) UNIX-like, Windows, MacOS X visualisation
TONTO boite à outils de chimie computationnelle UNIX-like, Windows, MacOS X
SHELX résolution et affinement de structures cristallographiques UNIX-like, Windows, MacOS X traitement de données
samtools Manipuler des alignements au format SAM/BAM (biologie) UNIX-like traitement de données
Mychem manipulation de données chimiques dans MySQL UNIX-like, Windows, MacOS X base de données, traitement de données
Gabedit interface graphique pour différentes applications de chimie computationnelle UNIX-like, Windows, MacOS X
OpenAlea modélisation des plantes à différentes échelles UNIX-like, Windows, MacOS X environnement logiciel, modélisation, traitement de données, visualisation
OpenElectrophy analyse de données électrophysiologiques intra ou extra cellulaire UNIX-like, Windows, MacOS X traitement de données
Capsis simulation de la croissance et de la dynamique des peuplements forestiers UNIX-like, Windows, MacOS X environnement logiciel, modélisation, traitement de données, travail collaboratif, visualisation
ParadisEO plateforme de développement de métaheuristiques hybrides parallèles sur grilles de calcul UNIX-like, Windows, MacOS X biblio. informatique, calcul distribué, modélisation
MACS logiciel d'analyse ChIP Seq (biologie) UNIX-like, Windows statistiques, traitement de données
Galaxy plateforme pour analyser les données génomiques UNIX-like, MacOS X partage de fichiers, service web, tableur, traitement de données, visualisation
FactoMineR package du logiciel R dédié à l'analyse de données UNIX-like, Windows, MacOS X statistiques
Monolix analyse de modèle non-linéaire à effets mixtes UNIX-like, Windows, MacOS X modélisation, statistiques
Protégé éditeur d'ontologies, framework de base de connaissances, cartographie de système d'information UNIX-like, Windows, MacOS X diffusion information, gestion de parc, gestion de projets, modélisation
Mobyle framework pour intégrer les logiciels bioinformatiques UNIX-like, MacOS X calcul distribué, service web, traitement de données, workflow
THESIAS génétique statistique : test d'association haplotypes - phénotype chez des individus non apparentés UNIX-like, Windows statistiques
OpenBabel boite à outils pour logiciels de chimie UNIX-like, Windows, MacOS X modélisation, traduction, traitement de données
APE éditeur d'ADN en général et plasmides en particulier Windows, MacOS X
VLE Virtual Laboratory Environment : environnement de multi-modélisation et de simulation UNIX-like, Windows, MacOS X modélisation
Generic Mapping Tools (GMT) génération de cartes géographiques, affichage de données scientifiques géographiques et cartésiennes UNIX-like, Windows, MacOS X traitement d'images, traitement de données, visualisation
PLINK analyse de type "génome-entier" UNIX-like, Windows, MacOS X traitement de données
SNPTEST analyses d’association “génome-entier” à partir de SNPs UNIX-like, Windows, MacOS X traitement de données
IMPUTE estimation des génotypes de SNPs non directement génotypés par des instruments UNIX-like, Windows, MacOS X traitement de données
Apollo visualisation et édition d'annotations génomiques UNIX-like, Windows, MacOS X environnement logiciel, traitement de données, visualisation
BLAST comparaison de séquences nucléiques ou protéiques UNIX-like, Windows, MacOS X traitement de données
GBrowse Generic Genome Browser : visualisateur d’informations à l’échelle génomique UNIX-like, MacOS X accès distant, base de données
pDRAW32 outil de biologie moléculaire (annotations, analyse, clonage, restriction enzymatique) Windows traitement de données
dot (Graphviz) pour dessiner des graphes UNIX-like, Windows, MacOS X dessin, visualisation
CraneFoot visualisation graphique d'arbres familiaux (pedigree) UNIX-like, Windows, MacOS X dessin
BioPerl bibliothèque Perl de modélisation et traitement de données de biologie UNIX-like, Windows, MacOS X biblio. informatique, modélisation, traitement de données
chimera visualisation de protéines, petites molécules... UNIX-like, Windows, MacOS X modélisation
ImageJ analyse d'images multiplateformes UNIX-like, Windows, MacOS X traitement d'images, traitement de données, visualisation
Coot modélisation et validation de structures de protéines UNIX-like, Windows, MacOS X modélisation
Taverna Conception de workflows et moteur d'exécution UNIX-like, Windows, MacOS X accès distant, calcul distribué, modélisation, service web, traitement de données, workflow
Cytoscape visualisation et analyse des réseaux d’intéraction UNIX-like, Windows, MacOS X traitement de données, visualisation
Perl langage de script orienté système, utilisable également pour des applications "métiers" UNIX-like, Windows, MacOS X compilateur, debogueur, environnement logiciel, langage informatique
WinMDI analyse des données de cytométrie (biologie) Windows traitement de données
EMBOSS suite logicielle pour les analyses bioinformatiques UNIX-like, Windows, MacOS X statistiques, traitement de données
Vector NTI gestion et analyses de molécules biologiques (ADN ou protéines) Windows, MacOS X base de données, traitement de données
BASE stockage et analyse de données de puces à ADN UNIX-like base de données, diffusion information, traitement de données, visualisation
BioMAJ moteur de workflows pour la synchronisation des données (en biologie notamment) UNIX-like, MacOS X traitement de données, workflow
R analyse statistique et réalisation de graphiques UNIX-like, Windows, MacOS X environnement logiciel, langage informatique, statistiques, traitement de données
Populations génétique des populations UNIX-like, Windows