HomeLogiciels validés, à valider ou en tests pour la recherche ou l'enseignement en biologie
Ces logiciels sont listés selon la date de première publication de la fiche sur PLUME, de la plus récente à la plus ancienne. En cliquant sur 'Logiciel' (titre de colonne) vous pouvez changer l'ordre d'affichage.
Vous pouvez aussi consulter une liste des ressources en biologie.
| Logiciel | Description | Système(s) | Fonctionnalités |
|---|---|---|---|
| NDPITools | conversion de fichiers NDPI (Nanozoomer Digital Pathology Image) au format TIFF ou JPEG | ||
| Trinity | assemblage de-novo de séquences RNAseq | ||
| InterProScan | identification dans un jeu de séquences des signatures protéiques d'intérêt | ||
| R Commander | interface graphique pour réaliser des traitements statistiques avec le logiciel R | ||
| Ensembl API | interface de programmation pour l'accès aux bases de donnees Ensembl | ||
| X!TandemPipeline | filtrage, édition, regroupement de résultats d'identifications MS | ||
| MixNet/MixeR | statistiques : Mixture Models for Networks | ||
| cluster | classification hiérarchique, k-means... pour données de puces à ADN | ||
| Free-D | reconstitution 3D et analyse des structures biologiques | ||
| Serial Cloner | outil d'analyse et de visualisation de séquences d'ADN | ||
| SITools2 | système d'accès aux données scientifiques | ||
| Avogadro | éditeur et visualiseur de molécules | ||
| OpenLayers | bibliothèque javascript pour applications cartographiques | ||
| DIRAC | cadre et composants pour créer des systèmes de calcul distribués | ||
| ergatis | moteur de workflow | ||
| QTLMap | détection de QTL en population consanguine (agronomie) | ||
| circos | visualisation synthétique de données de génomique comparée (ou tout autre réseau) | ||
| TONTO | boite à outils de chimie computationnelle | ||
| SHELX | résolution et affinement de structures cristallographiques | ||
| samtools | Manipuler des alignements au format SAM/BAM (biologie) | ||
| Mychem | manipulation de données chimiques dans MySQL | ||
| Gabedit | interface graphique pour différentes applications de chimie computationnelle | ||
| OpenAlea | modélisation des plantes à différentes échelles | ||
| OpenElectrophy | analyse de données électrophysiologiques intra ou extra cellulaire | ||
| Capsis | simulation de la croissance et de la dynamique des peuplements forestiers | ||
| ParadisEO | plateforme de développement de métaheuristiques hybrides parallèles sur grilles de calcul | ||
| MACS | logiciel d'analyse ChIP Seq (biologie) | ||
| Galaxy | plateforme pour analyser les données génomiques | ||
| FactoMineR | package du logiciel R dédié à l'analyse de données | ||
| Monolix | analyse de modèle non-linéaire à effets mixtes | ||
| Protégé | éditeur d'ontologies, framework de base de connaissances, cartographie de système d'information | ||
| Mobyle | framework pour intégrer les logiciels bioinformatiques | ||
| THESIAS | génétique statistique : test d'association haplotypes - phénotype chez des individus non apparentés | ||
| OpenBabel | boite à outils pour logiciels de chimie | ||
| APE | éditeur d'ADN en général et plasmides en particulier | ||
| VLE | Virtual Laboratory Environment : environnement de multi-modélisation et de simulation | ||
| Generic Mapping Tools (GMT) | génération de cartes géographiques, affichage de données scientifiques géographiques et cartésiennes | ||
| PLINK | analyse de type "génome-entier" | ||
| SNPTEST | analyses d’association “génome-entier” à partir de SNPs | ||
| IMPUTE | estimation des génotypes de SNPs non directement génotypés par des instruments | ||
| Apollo | visualisation et édition d'annotations génomiques | ||
| BLAST | comparaison de séquences nucléiques ou protéiques | ||
| GBrowse | Generic Genome Browser : visualisateur d’informations à l’échelle génomique | ||
| pDRAW32 | outil de biologie moléculaire (annotations, analyse, clonage, restriction enzymatique) | ||
| dot (Graphviz) | pour dessiner des graphes | ||
| CraneFoot | visualisation graphique d'arbres familiaux (pedigree) | ||
| BioPerl | bibliothèque Perl de modélisation et traitement de données de biologie | ||
| chimera | visualisation de protéines, petites molécules... | ||
| ImageJ | analyse d'images multiplateformes | ||
| Coot | modélisation et validation de structures de protéines | ||
| Taverna | Conception de workflows et moteur d'exécution | ||
| Cytoscape | visualisation et analyse des réseaux d’intéraction | ||
| Perl | langage de script orienté système, utilisable également pour des applications "métiers" | ||
| WinMDI | analyse des données de cytométrie (biologie) | ||
| EMBOSS | suite logicielle pour les analyses bioinformatiques | ||
| Vector NTI | gestion et analyses de molécules biologiques (ADN ou protéines) | ||
| BASE | stockage et analyse de données de puces à ADN | ||
| BioMAJ | moteur de workflows pour la synchronisation des données (en biologie notamment) | ||
| R | analyse statistique et réalisation de graphiques | ||
| Populations | génétique des populations |