Logiciels validés, à valider ou en tests pour la recherche ou l'enseignement en biologie

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Vous pouvez aussi consulter une liste des ressources en biologie.

Logiciel Description Système(s) Fonctionnalités
NDPITools conversion de fichiers NDPI (Nanozoomer Digital Pathology Image) au format TIFF ou JPEG
Trinity assemblage de-novo de séquences RNAseq
InterProScan identification dans un jeu de séquences des signatures protéiques d'intérêt
R Commander interface graphique pour réaliser des traitements statistiques avec le logiciel R
Ensembl API interface de programmation pour l'accès aux bases de donnees Ensembl
X!TandemPipeline filtrage, édition, regroupement de résultats d'identifications MS
MixNet/MixeR statistiques : Mixture Models for Networks
cluster classification hiérarchique, k-means... pour données de puces à ADN
Free-D reconstitution 3D et analyse des structures biologiques
Serial Cloner outil d'analyse et de visualisation de séquences d'ADN
SITools2 système d'accès aux données scientifiques
Avogadro éditeur et visualiseur de molécules
OpenLayers bibliothèque javascript pour applications cartographiques
DIRAC cadre et composants pour créer des systèmes de calcul distribués
ergatis moteur de workflow
QTLMap détection de QTL en population consanguine (agronomie)
circos visualisation synthétique de données de génomique comparée (ou tout autre réseau)
TONTO boite à outils de chimie computationnelle
SHELX résolution et affinement de structures cristallographiques
samtools Manipuler des alignements au format SAM/BAM (biologie)
Mychem manipulation de données chimiques dans MySQL
Gabedit interface graphique pour différentes applications de chimie computationnelle
OpenAlea modélisation des plantes à différentes échelles
OpenElectrophy analyse de données électrophysiologiques intra ou extra cellulaire
Capsis simulation de la croissance et de la dynamique des peuplements forestiers
ParadisEO plateforme de développement de métaheuristiques hybrides parallèles sur grilles de calcul
MACS logiciel d'analyse ChIP Seq (biologie)
Galaxy plateforme pour analyser les données génomiques
FactoMineR package du logiciel R dédié à l'analyse de données
Monolix analyse de modèle non-linéaire à effets mixtes
Protégé éditeur d'ontologies, framework de base de connaissances, cartographie de système d'information
Mobyle framework pour intégrer les logiciels bioinformatiques
THESIAS génétique statistique : test d'association haplotypes - phénotype chez des individus non apparentés
OpenBabel boite à outils pour logiciels de chimie
APE éditeur d'ADN en général et plasmides en particulier
VLE Virtual Laboratory Environment : environnement de multi-modélisation et de simulation
Generic Mapping Tools (GMT) génération de cartes géographiques, affichage de données scientifiques géographiques et cartésiennes
PLINK analyse de type "génome-entier"
SNPTEST analyses d’association “génome-entier” à partir de SNPs
IMPUTE estimation des génotypes de SNPs non directement génotypés par des instruments
Apollo visualisation et édition d'annotations génomiques
BLAST comparaison de séquences nucléiques ou protéiques
GBrowse Generic Genome Browser : visualisateur d’informations à l’échelle génomique
pDRAW32 outil de biologie moléculaire (annotations, analyse, clonage, restriction enzymatique)
dot (Graphviz) pour dessiner des graphes
CraneFoot visualisation graphique d'arbres familiaux (pedigree)
BioPerl bibliothèque Perl de modélisation et traitement de données de biologie
chimera visualisation de protéines, petites molécules...
ImageJ analyse d'images multiplateformes
Coot modélisation et validation de structures de protéines
Taverna Conception de workflows et moteur d'exécution
Cytoscape visualisation et analyse des réseaux d’intéraction
Perl langage de script orienté système, utilisable également pour des applications "métiers"
WinMDI analyse des données de cytométrie (biologie)
EMBOSS suite logicielle pour les analyses bioinformatiques
Vector NTI gestion et analyses de molécules biologiques (ADN ou protéines)
BASE stockage et analyse de données de puces à ADN
BioMAJ moteur de workflows pour la synchronisation des données (en biologie notamment)
R analyse statistique et réalisation de graphiques
Populations génétique des populations