Logiciels validés, à valider ou en tests pour la recherche ou l'enseignement liés à la modélisation

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Logiciel Description Fonctionnalités
OpenMOLE conception et exécution de chaînes de traitement
Ensembl API interface de programmation pour l'accès aux bases de donnees Ensembl
Qucs simulateur de circuit électronique
XMind outil de mind mapping ou cartes heuristiques
Free-D reconstitution 3D et analyse des structures biologiques
MatGeom bibliothèque de calcul géométrique en 2D et 3D sous Matlab
Elmer calcul à éléments finis pour simulations multi-physiques
FreeCAD CAO (modélisation géométrique de pièces en 3D...)
Avogadro éditeur et visualiseur de molécules
SEISMIC_CPML conditions absorbantes pour l'équation des ondes élastiques, viscoélastiques ou poroélastiques
SPECFEM modélisation par éléments finis spectraux de la propagation des ondes élastiques ou viscoélastiques
StarUML modélisation UML (similaire à 'Rational Rose' ou 'Borland Together')
Blender modélisation, animation, composition et rendu 3D
Violet UML Editor éditeur UML simple à utiliser
OpenAlea modélisation des plantes à différentes échelles
SALOME CAO, modélisation de maillages, post-traitement, couplage de codes de calcul
Capsis simulation de la croissance et de la dynamique des peuplements forestiers
ParadisEO plateforme de développement de métaheuristiques hybrides parallèles sur grilles de calcul
GMSH modeleur/mailleur/visualiseur
Giac/Xcas le couteau suisse des mathématiques
Netgen mailleur 3D tétraédrique (modélisation)
Sage-Combinat boîte à outils pour l'exploration informatique en combinatoire (algébrique)
Ariane analyse lagrangienne de la dynamique de modèles numériques de circulation océanique
FEMM solveur éléments finis pour le calcul de champs électromagnétiques en basse fréquence
Monolix analyse de modèle non-linéaire à effets mixtes
Fox résolution de structures cristallines sur poudre
Protégé éditeur d'ontologies, framework de base de connaissances, cartographie de système d'information
OpenBabel boite à outils pour logiciels de chimie
VLE Virtual Laboratory Environment : environnement de multi-modélisation et de simulation
BOUML suite d’outils UML 2
elle simulation numérique de l’évolution microstructal des roches
Tina édition et analyse des réseaux de Petri et des réseaux temporels
Manlab continuation interactive et analyse de bifurcation de problèmes non-linéaires (bibliothèque Matlab)
FreeWRL visualisation VRML / X3D respectant le standard X3D
NEMO plateforme de modélisation de l'océan bleu (dynamique), blanc (glace de mer) et vert (biogéochimie)
Code_Saturne mécanique des fluides numérique (CFD)
BioPerl bibliothèque Perl de modélisation et traitement de données de biologie
OrbisGIS Système d’Information Géographique (SIG) pour la modélisation scientifique
chimera visualisation de protéines, petites molécules...
Coot modélisation et validation de structures de protéines
Taverna Conception de workflows et moteur d'exécution
GetFem++ bibliothèque C++ d'éléments finis interfacée scilab-python-matlab
Open-PALM Projet d'Assimilation par Logiciel Multiméthode : coupleur dynamique parallèle
Topcased Atelier de développement d'applications et de systèmes critiques
GDL langage interactif (alternative libre à IDL)