Avogadro : éditeur et visualiseur de molécules

Fiche PLUME
  • Création ou MAJ importante : 16/05/2013
  • Correction mineure : 16/05/2013
  • Auteur : Jérôme Pansanel - IPHC (CNRS)
  • Responsable thématique : Jérôme Kieffer (ESRF)
  • Relecteur 1 : Eric Brémond
  • Relecteur 2 : Lionel Nauton
Mots clés
Description
Fonctionnalités générales

Avogadro est un logiciel multi-plateforme conçu pour l'édition et la visualisation avancée de molécules. Imaginé pour le calcul scientifique, la modélisation moléculaire, la bio-informatique, la science des matériaux ainsi que pour quelques autres activités de recherche connexes, Avogadro se démarque par sa flexibilité et son caractère évolutif de par son robuste système de plugins.

Une description du logiciel est aussi donnée sur le site de Framasoft : http://www.framasoft.net/article5022.html

Autres fonctionnalités

Ce logiciel permet également de se familiariser avec les bases de la mécanique moléculaire en proposant différents champs de force (MMFF94, MMFF 94s, UFF et Ghemical) et deux types d'optimisations de géometrie, comme la méthode du gradient conjugué, ou la méthode de la plus grande pente.

Il permet de faire des recherches de conformères de façon systèmatique ou aléatoire, avec ou sans contraintes sur les différents atomes des molécules étudiées (mais pas de rotation dans les cycles), ainsi que de visualisation des spectres infrarouges (format .out ou turbomole).

Interopérabilité

Les formats de fichier suivants sont supportés en entrée et en sortie :

  • CML (en entrée et en sortie)
  • CIF (en entrée)
  • GAMESS-US (en entrée et en sortie)
  • GAUSSIAN (en entrée et en sortie)
  • HyperChem (en entrée)
  • MDL Mol (en entrée et en sortie)
  • NWChem (en entrée et en sortie)
  • PDB (en entrée et en sortie)
  • PDF (en sortie)
  • PNG (en sortie)
  • Pov-Ray (en sortie)
  • SVG (en sortie)
  • Sybyl Mol2 (en entrée et en sortie)
  • XYZ (en entrée et en sortie)

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Le logiciel est utilisé pour la visualisation et l'édition de structures moléculaires obtenues dans le cadre du projet Chemical Structures.

Limitations, difficultés, fonctionnalités importantes non couvertes

Problème de locale

Problème rencontré sur les plateformes linux nativement installées en français concernant l'interprétation du point et de la virgule, qui entraine un bug graphique, ce problème peut être réglé en re-initalisant la locale:

$ LANG=C LC_ALL=C LC_NUMERIC=C avogadro

Environnement du logiciel
Distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré
  • Debian
  • Ubuntu
  • Gentoo
  • Fedora
  • FreeBSD
  • OpenSUSE
  • ArchLinux
  • Mandriva

La page Distribution du Wiki Avogadro donne plus de détails sur les distributions dans lesquelles ce logiciel est intégré.

Plates-formes
  • FreeBSD
  • Linux
  • Mac OS X
  • Microsoft Windows
Logiciels connexes
Autres logiciels aux fonctionnalités équivalentes
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

Le logiciel Avogadro est développé et maintenu par un groupe de développeurs dont plusieurs sont issus du laboratoire de Geoffrey Hutchison.

Eléments de pérennité

Le code source du logiciel est librement accessible depuis la plate-forme SourceForge et est activement maintenu. Ce logiciel est également l'une des briques d'un laboratoire de recherche. Enfin, l'équipe de développement est ouverte à de nouveaux contributeurs (la page Developer sur le wiki Avogadro leur est destinée). Ces trois éléments constituent une base très importante pour la pérennité d'un logiciel.

Références d'utilisateurs institutionnels

Le nombre de téléchargement du logiciel Avogadro a été estimé l'an dernier à un peu plus de 4300 par mois.

Environnement utilisateur
Liste de diffusion ou de discussion, support et forums

Il existe quatre listes de diffusion :

  • avogadro-announce
  • avogadro-devel
  • avogadro-discuss
  • avogadro-translations

Les bugs peuvent être remontés à l'équipe de développement via le gestionnaire de ticket de la plate-forme SourceForge.

Documentation utilisateur

De nombreuses documentations sont disponibles sur la page Documentation du Wiki Avogadro (en anglais).

Contributions

La page Developer sur le wiki Avogadro explique comment contribuer au logiciel.