MixNet/MixeR : statistiques : Mixture Models for Networks

Fiche PLUME
  • Création ou MAJ importante : 26/10/2013
  • Correction mineure : 26/10/2013
  • Auteur : Vincent Miele - un des développeurs du logiciel - Biométrie Biologie Evolutive (CNRS, Université Lyon1)
  • Responsable thématique : Christelle Dantec (CRBM)
  • Relecteur 1 : Franck Picard
  • Relecteur 2 : Christophe Ambroise
Mots clés
Description
Fonctionnalités générales

MixNet signifie Mixture models for Networks. C'est un logiciel permettant d'établir une classification non supervisée des noeuds d'un graphe en utilisant un modèle de classification non supervisée fondé sur les mélanges de distributions. Ce modèle fait l'hypothèse que les noeuds du réseau d'intérêt sont répartis en plusieurs classes cachées (ou couleurs) qui mettent en lumière des profils de connectivité spécifiques. Nous proposons plusieurs algorithmes d'estimation des paramètres du modèle et des probabilités d'appartenance aux classes pour chaque noeud, ainsi qu'un critère statistique de choix du nombre de classes (couleurs).

  • MixNet correspond au programme en ligne de commande,
  • MixeR correspond au package R associé.
Autres fonctionnalités

Des éléments pour la représentation des résultats (réseaux avec classes colorées) sont proposés.

Contexte d'utilisation dans mon laboratoire/service

Analyse statistique de réseaux biologiques et sociaux.

Environnement du logiciel
Plates-formes
  • Unix-like (installation du package R ou du programme en ligne de commande)
  • Mac et Windows (installation du package R)
Logiciels connexes
  • R (optionnel sous les systèmes Unix-like)
  • Cytoscape (optionnel)
Environnement de développement
Type de structure associée au développement

MixNet/MixeR est une réalisation conjointe des membres du groupe Statistics for Systems Biology.

Eléments de pérennité

MixNet/MixeR est developpé et maintenu sur la plateforme collaborative Mulcyber.

Environnement utilisateur
Documentation utilisateur