Licence Creative Commons by-nc-nd
(Paternité, pas d'utilisation commerciale, pas de modification)
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Julien Maupetit, Olivier Sallou
Mobyle est un framework permettant l'exécution de logiciels de bioinformatique par l'intermédiaire d'un portail web.
À partir de fichiers XML décrivant chacun des logiciels mis à disposition (BLAST ou Clustal par exemple), une interface web est générée automatiquement au sein du portail web.
Cette interface permet aux utilisateurs de lancer les analyses bioinformatiques sur leurs données, via une interface web, et sans avoir à installer les logiciels et données nécessaires sur leur poste de travail.
L'accent est mis sur la réutilisation des données entre les différents logiciels grâce au typage de ces données. Chaque donnée envoyée sur le portail ou produite par un logiciel (par exemple : séquence d'ADN) est disponible pour tous les logiciels du portail capables de traiter des données de ce type. Ceci permet d'enchaîner les traitements directement sur le portail.
Le format des fichiers XML de description est spécifique à Mobyle et hérité de ses prédécesseurs : Pise et le P-server.
Brièvement, chaque fichier comprend une description générale du logiciel et une liste de paramètres du logiciel.
Le format est documenté et un schéma Relax NG est fourni.
Le framework est livré avec une collection de plus de 300 fichiers de description pour les logiciels les plus courants.
D'autre formats comme ACD existent pour ce type d'usage, mais il n'existe pas de convertisseurs entre ces formats.
En ce qui concerne la plateforme GenOuest, son utilisation permet de mettre à disposition rapidement de nouvelles applications (en plus de celles déjà disponibles) dans un portail intégré. La mise en ligne d'un logiciel prend en général quelques dizaines de minutes.
Du point de vue des utilisateurs, le portail web a l'avantage d'être un environnement de travail permettant d'enchaîner les analyses de façon simple et assez conviviale. À condition bien sûr de traiter une quantité raisonnable de données (limitation commune à toutes les interfaces web).
PlayMOBY (Licence CeCILL) permet de déployer automatiquement des services webs BioMoby à partir des fichiers XML de description de programmes.
Galaxy est une plateforme similaire, avec, entre autres, la possibilité de créer des workflows graphiquement. Contrairement à Mobyle, Galaxy ne permet pas d'exécuter des programmes sur plusieurs sites géographiques.
Projet IBiSA MobyleNet lancé en 2009.
Liste de diffusion : http://sympa.pasteur.fr/wws/subrequest/mobyle-users
Support à l'installation : mobyle-support[at]pasteur.fr
Administrateur de portails Mobyle :
Une documentation (écrite en anglais) est incluse dans l'archive. Celle-ci est encore incomplète mais des efforts ont été faits sur les dernières versions : mise à disposition d'un installeur, configuration du portail, écriture de fichiers de description (dans le format XML Mobyle), utilisation de MobyleNet.
Utilisation du portail :
Tutoriels disponibles sur chaque portail et sur le site officiel.
A noter : Les logiciels publiés via Mobyle (BLAST, clustalw, etc.) ne sont bien entendus pas distribués avec le système. Il est de la responsabilité de chaque administrateur d'installer les outils qu'il souhaite publier.
Les remontées de bugs, suggestions de fonctionnalités, et commentaires sont remontés via l'alias mobyle-bugs[at]pasteur.fr